Учебный сайт Ксении Худяковой |
|||||||||||||||||||||||
Главная | О себе | Семестры | Ссылки | ||||||||||||||||||||
Восстановление кристалла из PDB файла1. Взаимодействия с белками из соседних ячеекКристаллографические характеристики в записи PDB приведены в поле CRYST1: CRYST1 70.620 102.890 108.590 90.00 90.00 90.00 C 2 2 21 8 Длины направляющих векторов кристалла a = 70.620 b = 102.890 c = 108.590 Углы между ними 90.00 90.00 90.00 Кристаллографическая группа C 2 2 21 Количество молекул в ячейке 8 На рис.1 представлена структура кристалла
Рисунок 1. Кристалл структуры 4r5f. а Асимметрическая ячейка из PDB. b Контакты асимметрической единицы с соседними (исходная покрашена красным) Я насчитала 8 зон контакта между белками из соседних ячеек. И только одна из них, на мой взгляд, отражает природное взаимодействие, потому что это похоже на изображение димера из PDB (рис.2).
Рисунок 2. Структура димера. а Структура димера из PDB. b Контакт, предположительно имеющий биологический смысл. 2. Странное расположение белковых цепей в структуре ДНК-белкового комплекса 3hddВ выбранной структуре белок как будто висит в воздухе, в то время как он должен быть связан с ДНК. Но при восстановлении соседних асимметрических ячеек видно, что молекула ДНК продолжается, и белок находится на ней точно так же, как другие субъединицы (рис.3).
Рисунок 3. а Странное расположение белка. b Вместе с соседними ячейками. 3. Асимметрическая единица != биологическая единицаАсимметрическая единица - эта та минимальная часть кристалла, по которой можно восстановить кристалл трансляционными и вращательными симметриями.
Биологическая единица - то, что выполняет биологическую функцию. Из определений понятно, что эти две вещи запросто могут быть разными.
Если биологическая единица больше асимметрической, то белок, например, может быть гомоди-(три-, тетра-...)мером.
Если же асимметрическая единица больше биологической, это может быть объяснено двумя причинами: Используя advanced search в PDB я нашла примеры обоих случаев. В структуре белка 4LOW биологическая единица состоит из восьми идентичных асимметрических единиц (рис.4).
Рисунок 4. a Асимметрическая единица белка 4LOW. b Биологическая единица. В белке 5GGU наоборот, асимметрическая единица состоит из двух биологических. (рис.5)
Рисунок 5. a Асимметрическая единица белка 5GGU. b Биологическая единица. |