Выбран идентификатор: P17265.
Этот белок - фактор димеризации рибосом бактерии Rhizobium meliloti 1021. Его функция - стимуляция формирования 100S-рибосомального комплекса в стационарной фазе роста клеток.
Запущен алгоритм PSI-BLAST с поиском по базе данных swissprot.
| Номер итерации | Число назодок выше порога (0,005) | Идентификатор худшей нахожки выше порога | E-value этой находки | Идентификатор лучшей находки ниже порога | E-value этой находки |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 17 | P0A147.1 | 7e-04 | P26983.1 | 0,028 |
| 2 | 27 | P33987.1 | 1e-08 | 0 | 0 |
| 3 | 28 | P9WMA8.1 | 0,002 | 0 | 0 |
После третьей итерации алгоритма в таблицу находок перестали добавляться новые.
По какой-то причине E-value худшей находки выше порога на второй итерации понизился, а потом повысился на несколько порядков. Я перепроверил дважды: в обоих случаях так происходило. В любом случае скачки E-value происходят в несколько порядков, а среди находок BLAST большинство белков имеют ту же функцию, что и взятый изначально. Только на третьей итерации в таблицу добавляются белки иных функций (P0AD49.2, P71346.3). Не факт, что они не гомологичны исходному.
Таким образом, факторы димеризации рибосом образуют хорошо идентифицируемое вероятностными методами семейство.