Как уже упомянуто в обзоре генома Shewanella baltica, этот вид бактерий, по результатам исследований, оказался ответственен за выработку триметиламина в местах длительного хранения замороженной морской рыбы. Поэтому выбор белка пал на триметиламин-N-оксидредуктазу (ТМАО-редуктазу), как на хозяйственно значимый фермент, благодаря которому осуществляется данная выработка.
Расширенный поиск проводился в базе данных Uniprot со следующими критериями в строке поиска: (organism_id:62322) AND (ec:1.7.2.3)
Следует сказать, что обзор в первом семестре написан про геном конкретного штамма: Shewanella baltica OS678. Однако этот штамм представлен в Uniprot только одной записью пептида из 10 аминокислотных остатков.
В результате поиска в базе данных было выявлено 4 записи про продукт гена tor бактерии Shewanella baltica. По аминокислотной последовательности эти белки никак не различаются: был выбран тот, записи о котором показались наиболее полными.
Выбранный белок:
ID: A0A6G7NUV7_9GAMM
AC: A0A6G7NUV7
Рассматриваемый фермент катализирует реакцию (см. рис. 1), в которой в роли окислителя вступает Fe3+ цитохрома-с, а в роли восстановителя — триметиламин. Железо восстанавливается до заряда +2, а триметиламин — до триметиламин-N-оксида (ТМАО). В качестве кофактора в реакции участвует молибден-бис(молибдоптерингуаниндинуклеотид) (Мо-бисМГД, см. рис. 2).
1) Введён поиск ферментов с таким же номером EC (ec:1.7.2.3). Получено 4380 результатов. Наибольшую распространённость триметиламин-N-оксидредуктаза имеет в классе Gammaproteobacteria.
2) Введён поиск белков, гены которых имеют такое же название (gene:torA). Среди 2126 результатов многочисленны гены ТМАО-редуктаз гаммапротеобактерий. Встречаются также гены биотинсульфоксидредуктаз Escherichia coli и Klebsiella pneumoniae, а также гены tortoise, продукты которых ответственны за хемотаксис амёб Dictyostelium и Polysphondylium.
3) Введён поиск белков со схожей функцией (protein_name:"TMAO reductase"). Получено 7146 результатов, среди которых: гены torT и torZ E. coli, torF различных представителей рода Shewanella, torC Eggerthella sp., yedZ Campylobacter pinnipediorum subsp. caledonicus, множество неназванных генов и генов некультивируемых видов.
Название белка и гена, его кодирующего, а также реакция, катализируемая ферментом, и некоторые другие факты подтверждаются ECO 0000256. Эти данные получены благодаря автоаннотации и автоматическому анализу аннотированного материала базой Uniprot.
Систематика организма-хозяина белка и название гена подтверждаются ECO 0000313. Источник этих данных - European Nucleotide Archive EMBL. Анализ проводился автоматически.
Доменная структура белка подтверждается ECO 0000259. Информация взята из базы Pfam, ныне курируемой системой Interpro.