Учебный сайт студента ФББ МГУ

Киселёв Матвей Олегович

Описание структуры уридин фосфорилазы

E. coli

Рассматриваемая макромолекула - белок

В его структуре присутствует 2 уникальные полимерные цепи (А- и В-цепь, см. рис. 1 и 2).

В биологических системах белок формируется из шести расположенных по кругу цепей: 3 А- и 3 В-цепи чередуются друг с другом (см. рис. 3).

Простите, изображение не загрузилось :( Проверьте подключение
Рис. 1. Ассиметричная единица: А-цепь белка.
Простите, изображение не загрузилось :( Проверьте подключение
Рис. 2. Общая структура димера А- и В-цепей. А-цепь выделена зелёным, а В-цепь - красным цветом.
Простите, изображение не загрузилось :( Проверьте подключение
Рис. 3. Биологическая единица белка. А-цепи покрашены жёлтым, а В-цепи - зелёным цветом.

Uniprot ID: P12758. Название: уридин фосфорилаза. Функция: фосфат-зависимо катализирует обратимое разрезание уридина и дезоксиуридина на урацил и рибозо- или дезоксирибозо-1-фосфат. Образуемые молекулы затем используются для синтеза пиримидиновых нуклеотидов, в энергетическом и углеродном обмене клетки.

Мутаций относительно референса нет.

Модифицированные аминокислотные остатки отсутствуют

Простите, изображение не загрузилось :( Проверьте подключение
Рис. 4. Вторичная структура белка. Альфа-спирали выделены синим, бета-слои - красным цветом.

В записи белка присутствуют малые молекулы:

K, POTASSIUM ION, ион калия

SO4, SULFATE ION, сульфат-ион, 2 шт.

5UD, 5-FLUOROURIDINE, 5-фторуридин, 2 шт.

HOH, молекула воды, 268 шт.

Файл с информацией про малые молекулы в записи белка

Простите, изображение не загрузилось :( Проверьте подключение
Рис. 5. Активный сайт фермента, связывающий сульфат-ион и 5-фторуридин. Показаны аминокислотные остатки на расстоянии 5 Å от лигандов. Жёлтый пунктир - полярные связи между лигандами и боковыми радикалами аминокислот. SO4 - сульфат-ион. 5UD - 5-фторуридин.

Внутримолекулярные взаимодействия

В исследуемом белке показано наличие разнообразных химических взаимодействий, за счёт которых поддерживается его структура в биологических системах. Жёлтым пунктиром обозначены связи, числа на пунктире - расстояние между образующими их атомами в ангстремах. Обозначены номера и названия аминокислотных остатков, вовлечённых во взаимодействия.

Простите, изображение не загрузилось :( Проверьте подключение
Рис. 6. Водородная связь между атомами остова в альфа-спирали
Простите, изображение не загрузилось :( Проверьте подключение
Рис. 7. Водородная связь между атомами радикалов аминокислотных остатков
Простите, изображение не загрузилось :( Проверьте подключение
Рис. 8. Соляной мостик
Простите, изображение не загрузилось :( Проверьте подключение
Рис. 9. Стекинговые взаимодействия
Простите, изображение не загрузилось :( Проверьте подключение
Рис. 10. Цистеины белковой единицы. Дисульфидные мостики не образуются