1. Считаем вес выравнивания:
| - | V | C | V | L | N | N | S | S | K | K | P | L | F | S | V | E | E | R | - | - |
| I | V | A | V | L | E | N | S | S | K | - | P | L | F | D | V | E | E | R | L | G |
| -12 | 4 | 0 | 4 | 4 | 0 | 6 | 4 | 4 | 5 | -12 | 7 | 4 | 6 | 0 | 4 | 5 | 5 | 5 | -12 | -2 |
Вес выравнивания: 29.
2. Выравнивание последовательностей программой stretcher.
Программа выдало другое выравнивание со скором 32. Смотреть выравнивание. Но мне кажется, мое выравнивание произведено лучше, т.к. в моем случае и процент идентичности, и процент сходства выше, чем выданный программой. Хотя и скор в данном случае получился больше.
3. Выравнивания программами needle и water белка COAD_BACSU и его гомолога.
Смотреть needle. Смотреть water.Координаты участка, вошедшего в частичное выравнивание (water): 1-159 (Оба белка).
Координаты участков, вошедших в полное выравнивание (needle): COAD_BACSU - 1-161, гомолог - 1-160.
Выравнивания совпадают, за исключением того, что в полном еще присутствют позиции 160: Q-G, 161: G--
Скор needle: 647, скор water: 649.
Вес глобального выравнивания не может быть больше веса локального, т.к. при глобальном выравнивании используется большее количество gap, штраф за который составляет -10.