Thermococcus kodakaraensis

Империя Cellulata
Надцарство Procaryota
Царство Archaea
Тип Euryarchaeota
Класc Thermococci
Отряд Thermococcales
Семейство Thermococcaceae
Род Thermococcus
Вид Thermococcus kodakarensis

Описание

Thermococcus kodakaraensis впервые был обнаружен на Острове Kodakara, Кагосиме, Япония(отсюда название). Это термофильный микроорганизм, архея, которая обитает в геотермальных сероводородных источниках в температурных границах от 65 до 100 градусов Цельсия. Представители рода Thermococcus присутствуют в естественной высокотемпературной окружающей среде и играют главную роль в экологии и метаболической деятельности микробных сообществ в пределах экосистем геотермальных источников.

Немного из истории изучения бактерии

Занесен в базы данных UniProtKB/TrEMBL: 1 мая 2000 года
Последнее обновление последовательности: 1 мая 2000 года
Последние модификации: 5 октября 2010 года

Геном Thermococcus kodakarensis был секвенирован с целью изучения механизмов, позволяющих данным археям приспосабливаться к условиям среды высокотемпературных геотермальных источников. Еще одной целью стало дальнейшее сравнение генома Thermococcus kodakarensis с геномами бактерий из рода Pyrococcus, обитающих в сходных условиях.

Статья о том, почему был секвенирован геном Thermococcus kodakarensis.
Также в статье приводится сравнение генома с геномом бактерии рода Pyrococcus

Статья о бактерии (источник:PubMed)

Thermococcus kodakarensis genetics: TK1827-encoded beta-glycosidase, new positive-selection protocol, and targeted and repetitive deletion technology. Santangelo TJ, Cubonov? L, Reeve JN. Department of Microbiology, Ohio State University, Columbus, OH 43210, USA.

Abstract
Inactivation of TK1761, the reporter gene established for Thermococcus kodakarensis, revealed the presence of a second beta-glycosidase that we have identified as the product of TK1827. This enzyme (pTK1827) has been purified and shown to hydrolyze glucopyranoside but not mannopyranoside, have optimal activity at 95 degrees C and from pH 8 to 9.5, and have a functional half-life of approximately 7 min at 100 degrees C. To generate a strain with both TK1761 and TK1827 deleted, a new selection/counterselection protocol has been developed, and the levels of beta-glycosidase activity in T. kodakarensis strains with TK1761 and/or TK1827 deleted and with these genes expressed from heterologous promoters are described. Genetic tools and strains have been developed that extend the use of this selection/counterselection procedure to delete any nonessential gene from the T. kodakarensis chromosome. Using this technology, TK0149 was deleted to obtain an agmatine auxotroph that grows on nutrient-rich medium only when agmatine is added. Transformants can therefore be selected rapidly, and replicating plasmids can be maintained in this strain growing in rich medium by complementation of the TK0149 deletion.

Идентификатор статьи в PubMed

PMID: 20023088

Источники информации:

(по запросу:Thermococcus kodakarensis genetics,результат-10 находок)