С помощь программы JMol визуализированна молекула высокопотенциального железосерного белка, выделенного из грамотрицательной термофильной бактерии Thermochromatium tepidum. PDB ID молекулы
Ниже представлен J(S)Mol апплет, демонстрирующий структуру белка. Для того, чтобы запустить скрипт, нажмите кнопку "Start script"; для того, чтобы продолжить выполнение, кнопку "Resume".
Ниже представлена таблица со значениями длин водородных связей и углов между N-H-O
| # | Имена атомов | Длина связи (Å) | Угол N-H-O (°) |
|---|---|---|---|
| Альфа-спираль | |||
| 1 | N(15ILE) - O(11ASP) | 3.01 | 159.2 |
| 2 | N(18LYS) - O(14ALA) | 2.91 | 108.9 |
| 3 | N(17LEU) - O(13THR) | 2.89 | 154.4 |
| Среднее значение | 2.94 | 140.83 | |
| Бета-тяж | |||
| 1 | N(58TRP) - O(55GLU) | 3.05 | 159.5 |
| 2 | N(60GLY) - O(53VAL) | 3.26 | 134.5 |
| 3 | N(55GLU) - O(58TRP) | 2.82 | 150.5 |
| Среднее значение | 3.04 | 148.17 | |
| Общее среднее значение | 2.99 | 144.50 | |
Водородная связь - связь, образующаяся между электроотрицательным атомом (акцептором водорода, в качестве которого обычно выступает кислород или азот) и атомом водорода, ковалентно связанным с другим электроотрицательным атомом (донором водорода) в той же самой или в другой молекуле.[1] Вторичная структура белка образуется за счет водородных связей между атомами из остова аминокислотной последовательности: кислорода в качестве акцептора и азотом в качестве донора водорода. Средняя длина такой связи (расстояние между кислородом и азотом) равна 3,0 - 3,5 Å.[2] По мнению некоторых исследователей для существования водородной связи угол N-H-O должен быть более 146° [3], но существуют также более мягкие оценки в других работах - более 120°. [4]
Полученные средние значения длин связей и углов как отдельно в альфа-спирали или в бета-тяже, так и в целом по двум вторичным структурам совпадают с оценками из источников.
1. Основы биохимии Ленинджера: в 3т. Т.1 / Д. Нельсон, М. Кокс; пер. с англ.-М.: БИНОМ. Лаборатория знаний, 2011.-694с. ил. ISBN 978-5-94774-365-4 (Т.1)
2. Jeffrey, George A.; An introduction to hydrogen bonding, Oxford University Press, 1997.
3. A. Khan, A liquid water model: Density variation from supercooled to superheated states, prediction of H-bonds, and temperature limits. Journal of Physical Chemistry 104 (2000) 11268-11274.
4. A. D. Hammerich and V. J. Buch, An alternative nearneighbor definition of hydrogen bonding in water, Chem Phys. 128 (2008) 111101.