История команд.
##копирование хромосомы в свою папку
cp /mnt/scratch/NGS/DATA/GRCh38.p13_fasta/chr8.fna /mnt/scratch/NGS/lidia/bwa

## просмотр файла без редактирования
more file_name

##индексирование референса bwa
bwa index -a bwtsw chr8.fna

##создание директории для днк-чтений
mkdir dna_seq

##копирование двух файлов с чтениями
cp /mnt/scratch/NGS/DATA/dna_reads/SRR10720419_1.fastq.gz /mnt/scratch/NGS/lidia/dna_seq
cp /mnt/scratch/NGS/DATA/dna_reads/SRR10720419_2.fastq.gz /mnt/scratch/NGS/lidia/dna_seq

##запуск программы fastqc
fastqc SRR10720419_1.fastq.gz
fastqc SRR10720419_2.fastq.gz

##копирование файлов из узла calc в домашнюю директорию
cp SRR10720419_1_fastqc.html ~/public_html/term3/block3/pr11
cp SRR10720419_2_fastqc.html ~/public_html/term3/block3/pr11

##команда для trimmomatic (paired end mode)
java -jar /usr/share/java/trimmomatic.jar PE -threads 12 -phred33 SRR10720419_1.fastq.gz SRR10720419_2.fastq.gz out_paired_SRR10720419_1.fastq.gz 
out_unpaired_SRR10720419_1.fastq.gz out_paired_SRR10720419_2.fastq.gz out_unpaired_SRR10720419_2.fastq.gz MINLEN:50 TRAILING:20

##fastqc после trimmomatic
fastqc out_paired_SRR10720419_1.fastq.gz
fastqc out_unpaired_SRR10720419_1.fastq.gz
fastqc out_paired_SRR10720419_2.fastq.gz
fastqc out_unpaired_SRR10720419_2.fastq.gz

##копирование файлов из узла calc в домашнюю директорию 
cp out_paired_SRR10720419_1_fastqc.html ~/public_html/term3/block3/pr11
cp out_unpaired_SRR10720419_1_fastqc.html ~/public_html/term3/block3/pr11
cp out_paired_SRR10720419_2_fastqc.html ~/public_html/term3/block3/pr11
cp out_unpaired_SRR10720419_2_fastqc.html ~/public_html/term3/block3/pr11