Учебный сайт Лидии Гаркуль

Паралоги, визуализация

1. Составление списка гомологичных белков, включающих паралоги. Множественное выравнивание.

Протеомы выбранных в первом практикуме бактерий были взяты из директории на kodomo /P/y19/term4/Proteomes и слиты в один файл all_proteomes.fasta с помощью команд вида: cat all_proteomes.fasta >> $FILE.fasta
Далее последовательности были проиндексированны командой makeblastdb -in all_proteomes.fasta -dbtype prot.
Сам BLAST запускался командой blastp -query clpx_ecoli.fasta -db all_proteomes.fasta -out blastp.out -evalue 0.001 -outfmt 1
Выходной файл находится тут.
Выданные бластом белки были выровнены в Uniprot. Результат выравнивания находится тут.

2. Реконструкция и визуализация.

(a) Множественное выавнивание было импортированно в MEGA методом Analyze. Далее было построено дерево с помощью алгоритма наибольшего правдоподобия. Полученное дерево в Newick-формате представлено ниже.

(((((((CLPX_ECOLI,CLPX_SERP5),CLPX_SHEDO),CLPX_HAEIN),(CLPX_BARHE,(CLPX_ROSDO,CLPX_PARDP))),CLPX_POLAQ),(((HSLU_PARDP,HSLU_ROSDO),HSLU_BARHE),(HSLU_SHEDO,(HSLU_HAEIN,(HSLU_SERP5,HSLU_ECOLI))))),(A1B8N4_PARDP,(A8GCD8_SERP5,CLPA_ECOLI)),((RUVB_ROSDO,RUVB_BARHE),((((A1AZV8_PARDP,Q167Z2_ROSDO),A1BBJ2_PARDP),A0A0H3LXZ4_BARHE),(A4SXL5_POLAQ,(FTSH_HAEIN,(Q12QI8_SHEDO,(FTSH_ECOLI,A8G901_SERP5)))))));

per_base1 — Рис. 1. Дерево с выделенными ортологичными группами.

(b) Пары ортологов: CLPX_ROSDO и CLPX_PARDP; HSLU_PARDP и HSLU_ROSDO; RUVB_BARHE и RUVB_ROSDO.
Пары паралогов: A1BBJ2_PARDP и A1AZV8_PARDP; RUVB_BARHE и A0A0H3LXZ4_BARHE; A1B8N4_PARDP и A1AZV8_PARDP.

Внутри оранжевой (HSLU) и зеленой (CLPA) групп филогения белков совпадает с филогенией бактерий, полученных в первом практикуме. В синей группе (CLPX) филогения белков отличается от филогении бактерий.