1. Для данной чати практикума был взят набор из 21 ID - list17.txt. 2. В
анализе обогащения участвовало 21 из 23 ID. Это происходит из-за возможного несоответствия ID между
различными базами данных. 3. Было найдено 242 GO terms. 4. Список из 10 самых значимых GO terms:
5.
Рис. 1. Граф пяти самых значимых GO
terms: GO:0034375,GO:0034369,GO:0034368,GO:0034367,GO:0071827.
6. Пять наиболее значимых находок на рисунке 1 выделены желтым цветом. Видно, что между ними есть только один
тип стрелок, который означает вложенность одного понятия в другое.
7. Соединение с ID GO:0034375 вовлечено во все процессы, показанные на графе.
Часть 2. String.
1.
Рис. 2. Граф для списка ID. Построен с помощью сервиса String.
2. Для 18 узлов графа указана 3D-структура.
3. В графе встречаются следующие типы взаимодействий: from curated databases, experimentally determined, gene
neighborhood, textmining, co-expression, protein homology.
4. В целом, гомология не особо встречается в различных группах организмов. Только в Opisthokonta хорошо
прослеживается. У генов TNX и TNX2 гомологи встречаются во многих группах.
Рис. 3. Gene cooccrurrence.
5. Коэкспрессия генов из нашего списка лучше наблюдается у человека. Для двух пар (PLG и FGA, APOC2 и APOA1)
коэкспрессия вне человека выражена гораздо лучше.
Рис. 4. Gene co-expression.
Часть 3. Human Protein Atlas.
1. Для данного задания был выбран ACER1.
2. Gene summary:
Керамиды синтезируются во время дифференцировки эпидермиса и накапливаются в промежутках рогового слоя, где они
представляют собой критические компоненты барьера эпидермальной проницаемости. Избыток клеточного церамида может
запускать антимитогенные сигналы и вызывать апоптоз, а метаболиты церамида сфингозин и сфингозин-1-фосфат (S1P)
являются важными биорегулирующими молекулами. Гидролиз церамидов в слоях ядерных клеток регулирует пролиферацию
кератиноцитов и апоптоз в ответ на внешний стресс. Гидролиз церамидов также происходит в роговом слое,
высвобождая свободное сфингоидное основание, которое действует как эндогенный антимикробный агент. ACER1 активно
экспрессируется в эпидермисе и катализирует гидролиз церамидов с очень длинной цепью с образованием
сфингозина.
3. Специфичных участков в мозге для ACER1 не найдено.
Рис. 5. Специфичность в мозге.
4. Специфической субклеточной локализации для ACER1 не найдено.
Рис. 6. Специфическая субклеточная локализация.
5. Видно, что выбранный ген не экспрессируется в виде белка.
Рис. 7. Различие в экспрессии РНК и белка.
6. ACER1 экспрессируется в коже, языке, слюнной железе, пищеводе.
Рис. 8. Экспрессия в тканях гена как РНК.
