Работа с поисковыми системами



1.Если сравнивать "дружественное" представление информации о белке в трёх поисковых системах (SRS, MRS и поисковой системе UniProt), то наиболее полная информация даётся на соответствующей странице UniProt (что логично). Далее можно сравнивать информацию об особенностях белка, представленную в качестве результата по запросу системами SRS и MRS. Результат в системе MRS представляет собой практически выдержки из текстового файла, озаглавленные по полям. Так например, поле "features" в MRS просто скопировано. SRS даёт больше графической информации (к примеру, наглядная схема, где выделены фрагменты цепи, чьи свойства освещены в поле "features"), упрощает навигацию по файлу (ссылки, переносящие к отдельным полям). Также в SRS, в разделе, касающемся публикаций о белке, даны ссылки на статьи в различных форматах и цветом сигнала на светофоре показано, находится ли материал в свободном доступе, что очень удобно.

2.Названия таксонов, начинающиеся на "gam" (система SRS)
gambusia
gammaherpesvirinae
gammapapillomavirus
gammaproteobacteria
gammaretrovirus
gammaridea



Гамма-протеобактерии = "gammaproteobacteria"

С помощью системы SRS в банке Swiss-Prot найдено 83513 записи, описывающих белки из гамма-протеобактерий.

3.
Формулировка функции белка Строка запроса (поиск содержимого поля "DR GO;" - соответствует полю "DBxref" в SRS) Количество найденных документов

1.Алкилгидропероксидредуктаза 
([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria] & ((([swissprot-Description:Alkyl] & [swissprot-Description:hydroperoxide]) & [swissprot-Description:reductase]) | [swissprot-Description:Alkyl hydroperoxide reductase]))  
17 
2.Связывает флавинадениндинуклеотид 
([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria] & (([swissprot-DBxref_:*FAD] & [swissprot-DBxref_:binding]) | [swissprot-DBxref_:*FAD binding]))  
756 
3.Дисульфидная оксидоредуктаза 
([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria] & (((([swissprot-DBxref_:*protein] & [swissprot-DBxref_:disulfide]) & [swissprot-DBxref_:oxidoreductase]) & [swissprot-DBxref_:activity]) | [swissprot-DBxref_:*protein disulfide oxidoreductase activi ty]))  
189 
4.Переносчик электронов 
([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria] & ((([swissprot-DBxref_:*electron] & [swissprot-DBxref_:carrier]) & [swissprot-DBxref_:activity]) | [swissprot-DBxref_:*electron carrier activity]))  
1659 
5.Оксидоредуктаза, использующая НАД*Н или НАДФ*Н 
(([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria] & (([swissprot-DBxref_:*oxidoreductase] & [swissprot-DBxref_:activity]) | [swissprot-DBxref_:*oxidoreductase activity])) & (([swissprot-Keywords:NADP] & [swissprot-Keywords:NAD]) | [swissprot-Keywords:NADP NAD]))  
38 


4.Результат запроса №5: последовательности в FASTA формате cкачать

*Дополнительное задание

а)Найдите статьи последних двух-трёх лет, в аннотациях которых упоминается Ваш белок. В протоколе приведите строку запроса и количество найденных статей.
Запрос: ([medline-Year#2006:2008] & ((([medline-Abstract:ahpf] & [medline-Abstract:escherichia]) & [medline-Abstract:coli]) | [medline-Abstract:ahpf escherichia coli]))
Результат - 1
Hishinuma,S., Ohtsu,I., Fujimura,M., Fukumori,F.
OxyR is involved in the expression of thioredoxin reductase TrxB in Pseudomonas putida.

б)Сколько в MEDLINE статей, опубликованных в 1970-е годы, среди авторов которых имеется А.А.Нейфах? Каков был круг интересов указанного автора?
Запрос: ([medline-Authors:Neifakh,A.A.] & [medline-Year#1970:1979])
Результат - 9
А.А.Нейфах занимался проблемами генетического контроля синтеза белка на эмбриональных стадиях развития организма. Судя по анонсам статей, объектами исследования, в основном, были зародыши рыб и личинки морских ежей.

К перечню исследовательских работ
На главную