С помощью сервера AmiGO был найден его близкий гомолог - CHY_1503 (pyrR bifunctional protein) (E-value находки 1.2e-42, процент идентичности 53% (93/174)).
Организм, которому принадлежит находка, - Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901.
Lineage( full ) cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Clostridia; Thermoanaerobacterales; Thermoanaerobacteraceae; Carboxydothermus; Carboxydothermus hydrogenoformans
Это фактически и есть искомый белок. Организм, которому принадлежит лучшая находка, также относится к группе Terrabacteria. Термины GO, отнесенные к белку с идентификатором Uniprot Q3ABZ9:
| Аспект | Идентификатор GO | Название термина | Перевод названия термина | Код типа достоверности |
| Биологический процесс (biological process) | GO:0006353 | DNA-templated transcription, termination | ДНК-зависимая транскрибция | ISS |
| Биологический процесс (biological process) | GO:0009220 | pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process | биосинтез пиромидиновых рибонуклеотидов | ISS |
| Молекулярная функция (molecular function) | GO:0003729 | mRNA binding | связывание мРНК | ISS |
| Молекулярная функция (molecular function) | GO:0004845 | uracil phosphoribosyltransferase activity | активность урацил фосфорибозилтрансферазы | ISS |
Описание кодов достоверности:
| Код типа достоверности | Расшифровка кода типа достоверности | Объяснение |
| ISS | Inferred from Sequence or Structural Similarity | Этот код используется в тех случаях, когда аннотация производилась вручную на основе структурной гомологии либо гомологии по последовательности |
Итак, аннотация белка была произведена вручную. Это говорит о высокой достоверности информации об этом белке.
Теперь я опишу термин DNA-templated transcription, termination исследуемого белка (термин GO:0006353). По этому термину доступна следующая информация (на соответствующей ему вкладке):
| Свойство | Значение |
| Идентификатор (Accession) | GO:0006353 |
| Название (Name) | DNA-templated transcription, termination |
| Аспект онтологии (Ontology) | Биологический процесс (biological process) |
| Синонимы (Synonyms) | DNA-dependent transcription, termination termination of DNA-dependent transcription termination of transcription, DNA-dependent transcription termination factor activity transcription termination, DNA-dependent transcriptional complex disassembly |
| Определение (Definition) | The cellular process that completes DNA-templated transcription; the formation of phosphodiester bonds ceases, the RNA-DNA hybrid dissociates, and RNA polymerase releases the DNA. |
| Комментарий (Comment) | - |
| Число родителей (из них - логически определённых) | 29 (27) |
| Число потомков (из них - логически определённых) | 9(0) |
Графическое представление предков данного термина:
Все кроме двух связей – связи is a, эти две связи part of показывают, что терминация такой ДНК-зависимой транскрипции является частью процесса экспрессии генов, что и понятно.
СПАСИБО ЗА ПРОСМОТР
© Мария Медведева