| Потоки | |
| stdin | СТАНДАРТНЫЙ ПОТОК ВВОДА. Содержит то, что вы набираете на клавиатуре во время работы программы (например, в ответ на вопросы программы) |
| stdout | СТАНДАРТНЫЙ ПОТОК ВЫВОДА и СТАНДАРТНЫЙ ПОТОК ОШИБОК, но по умолчанию их содержание отображается в консольном окне (потоки не разделены). Но если перенаправить stdout на stdin другой программы или в файл, можно разделить эти два потока. stderr же будет продолжать выводиться на экран. |
| stderr | |
| Операторы перенаправления потоков | ||
| Символ > | Для перенаправления стандартного вывода (stdout) команды в файл | например, команда infoseq sw:SPSE_BUSCU > SPSE.info запишет в файл SPSE.info информацию из банка SwissProt (создаст его в текущей директории или перезапишет уже имеющийся файл с таким названнием). |
| сочетание символов >> | дописать stdout команды в конец уже существующего файла | например, команда infoseq sw:"SPS*_BACSU" >> SPSE.info дозапишет в конец файла информацию о всех найденных в банке белков комплекса SPSE в Bacillus Subtales.
USA Database Name Accession Type Length Organism Description sw-id:SPSE_BACSU sw SPSE_BACSU P39625 P 373 Bacillus subtilis Spore coat polysaccharide biosynthesis protein spsE USA Database Name Accession Type Length Organism Description sw-id:SPSA_BACSU sw SPSA_BACSU P39621 P 256 Bacillus subtilis Spore coat polysaccharide biosynthesis protein spsA sw-id:SPSB_BACSU sw SPSB_BACSU P39622 P 474 Bacillus subtilis Spore coat polysaccharide biosynthesis protein spsB sw-id:SPSC_BACSU sw SPSC_BACSU P39623 P 389 Bacillus subtilis Spore coat polysaccharide biosynthesis protein spsC sw-id:SPSD_BACSU sw SPSD_BACSU P39624 P 289 Bacillus subtilis Spore coat polysaccharide biosynthesis protein SpsD (2.3.1.-) sw-id:SPSE_BACSU sw SPSE_BACSU P39625 P 373 Bacillus subtilis Spore coat polysaccharide biosynthesis protein spsE sw-id:SPSF_BACSU sw SPSF_BACSU P39626 P 240 Bacillus subtilis Spore coat polysaccharide biosynthesis protein spsF sw-id:SPSG_BACSU sw SPSG_BACSU P39627 P 339 Bacillus subtilis Spore coat polysaccharide biosynthesis protein spsG sw-id:SPSI_BACSU sw SPSI_BACSU P39629 P 246 Bacillus subtilis Spore coat polysaccharide biosynthesis protein spsI SPS*BACSU.info |
| сочетание символов 2> | записать в файл stderr | например, найдём файлы, содержащие выражение "bacsu" на диске P. Это делает команда find /P/ -name '*bacsu.*'. Команда выдает несколько результатов поиска и две ошибки. Чтобы разделить strout и strerr, используем указанные команды:
команда find /P/ -name '*fasta*' 1> 1.txt запишет в файл 1.txt результаты поиска (найденные файлы). 1.txt команда find /P/ -name '*fasta*' 2> 2.txt запишет в файл 2.txt обнаруженные ошибки при поиске. 2.txt |
| Спецсимволы bash | ||
| Символ | Значение | Пример |
| Пробел и символ табуляции | отделяют параметры друг от друга | infoseq sw:spse_bacsu -only -name |
| " " | Все символы внутри вопринимаются буквально, кроме $ и `. Эти символы сохраняют своё значение. Но если перед ними поставить \, то и они будут воприниматься буквально. | mv "A gift.GIF" A_gift.GIF Без кавычек эта команда не выполнялась |
| Advanced (Unprompted) qualifiers: | ||
| ' ' | Внутри одиночных кавычек, любой специальный символ, за исключением ', интерпретируется как простой символ. Одиночные кавычки - более строгий вариант чем двойные кавычки | less 'yes\no' символ \ - часть имени файла. |
| Маски поиска | ||
| * | Некоторое множество символов (пустое в том числе) | find ~ -name *.fasta команда будет искать в домашней директории файлы, имя которых оканчивается на peptid.txt |
| ? | Один символ | find ~ -name ?.fasta На месте ? один символ |
| [0-9] | цифра от 0 до 9. может быть и алфавит | find ~ -name [0-9].fasta |
| Команда grep | |
| Ищет в текстовом файле строки, содержащие некоторое выражение. | Можно действовать этой командой на результат стандартного вывода, например infoseq "sw:*_bacsu" | grep chaperonin выводит на экран
информацию обо всех белках вида Bacillus Subtilis, а затем среди полученных строчек ищет содержащие слово enzyme. Таким образом, можно выявить все белки-ферменты данного вида.
Команда различает некоторые спецсимволы: точка вместо любого символа, [0-9] цифра от 0 до 9, [аб] - буква "а" или "б", ^ - начало строки, $ - конец строки, \ - последующий символ воспринимается программой буквально |
| Опции команды infoseq | ||
| Опция | Действие | Пример |
| Добавочные (опциональные) квалификаторы: | ||
| -outfile | Если ввести сюда имя файла, программа запишет детали последовательности в файл. | outinfo.txt
infoseq sw:spse_bacsu -outfile outinfo.txt |
| -html | Результат в формате HTML-таблицы. | htmlinfo.txt
infoseq sw:spse_bacsu -html 1> htmlinfo.txt |
| Квалификаторы: | ||
| -[no]columns | Включите эту опцию(Y), чтобы получить информацию о последовательности в виде стройного, выровненного по колонкам файла выходных данных.Либо, отключите эту опцию (N), и в данном случае информация будет отделена символом, который можно задать с помощью опции -delimiter. | nocolinfo.html
colinfo.txt infoseq sw:spse_bacsu -nocolumns 1> nocolinfo.txt infoseq sw:spse_bacsu -columns 1> colinfo.txt |
| -delimiter | Используется для разделения разделов в выходном файле. Это может быть пробел, символ табуляции или любой другой символ. | delinfo.txt
infoseq sw:spse_bacsu -nocolumns -delimiter "!" 1> delinfo.txt |
| -only | Укорачивает выводимую информацию. Только -only: '-nohead -noname -noacc -notype -nopgc -nodesc' | only.txt
infoseq sw:spse_bacsu -only -length 1> only.txt |
| -[no]heading | Отображает названия колонок. | head.txt
nohead.txt infoseq sw:spse_bacsu -heading 1> head.txt infoseq sw:spse_bacsu -noheading 1> nohead.txt |
| -usa | Отображает "адрес последовательности в банке данных Uniform (Uniform Sequence Address). Употребляется только с -only. | usa.txt
infoseq sw:spse_bacsu -only -usa 1> usa.txt |
| -database | Отображает колонку 'database'. Употребляется только с -only. | database.txt
infoseq sw:spse_bacsu -only -database 1> database.txt |
| -name | Отображает колонку 'name'. Употребляется только с -only. | name.txt
infoseq sw:spse_bacsu -only -name 1> name.txt |
| -accession | Отображает колонку 'accession'.Употребляется только с -only. | accession.txt
infoseq sw:spse_bacsu -only -accession 1> accession.txt |
| -gi | Отображает колонку 'GI'. Употребляется только с -only. | gi.txt
infoseq sw:spse_bacsu -only -gi 1> gi.txt |
| -seqversion | Отображает колонку 'version'. Употребляется только с -only. | vers.txt
infoseq sw:spse_bacsu -only -seqversion 1> vers.txt |
| -type | Отображает колонку 'type'. Употребляется только с -only. | type.txt
infoseq sw:spse_bacsu -only -type 1> type.txt |
| -length | Отображает колонку 'length'. Употребляется только с -only. | length.txt
infoseq sw:spse_bacsu -only -length 1> length.txt |
| -pgc | Отображает процентное содержание rуанина и цитозина. Употребляется только с -only. | pgc.txt
infoseq sw:spse_bacsu -only -pgc 1> pgc.txt |
| -organism | Отображает колонку 'organism'. Употребляется только с -only | organism.txt
infoseq sw:spse_bacsu -only -organism 1> organism.txt |
| -description | Отображает колонку 'description'. Употребляется только с -only. | description.txt
infoseq sw:spse_bacsu -only -description 1> description.txt |
| Главные квалификаторы: | ||
| -help | Выводит информацию о команде infoseq | help.txt
infoseq -help 2> help.txt |