1. Поиск мотивов программой MEME.
В наборе гомологов белка SPSE_BACSY найдем мотивы программой MEME. Для этого используем лист-файл с белками, созданный ранее myproteins.list.
sw:spse_bacsu sw:rimo_sphal sw:sias_human sw:y1065_metjaВыполнив команду
ememetext @myproteins.list memeout.txt temp.fasta -nmotifs 3через Putty, получили файл memeout.txt с необходимой информацией. Нашлось 3 мотива, что неудивительно, ведь мы параметром -nmotifs ограничили число выдаваемых мотивов до трех.
Заполним следующую таблицу информацией по каждому из трёх найденных мотивов:
| Номер мотива | Последовательности, в которых найден мотив | Координаты в последовательности SPSE_BACSU | P-value в последовательности SPSE_BACSU | Длина | E-value |
| 1 | SPSE_BACSU Y1065_METJA SIAS_HUMAN |
9-52 | 4.32e-45 | 44 | 9.8e-014 |
| 2 | SPSE_BACSU SIAS_HUMAN Y1065_METJA RIMO_SPHAL |
226-254 | 7.94e-30 | 29 | 1.2e-008 |
| 3 | Y1065_METJA SIAS_HUMAN SPSE_BACSU RIMO_SPHAL |
172-197 | 2.77e-26 | 26 | 1.1e-006 |
2. Сравнение блоков (частичных выравниваний), найденных MEME, с полным выравниванием, выданным muscle
Построим выравнивание последовательностей с помощью программы muscle:
muscle -in myproteins.fasta -out myproteins_muscle.fastaC помощью JalView, откроем полученное выравнивание и выделим участки последовательностей, входящих в найденные программой MEME блоки:
Выравнивание с выделенными участками последовательностей сохранено в файле myproteins_meme_jalview.jar
Видим, что первый мотив, найденный MEME, полностью выровнен программой muscle. Второй мотив выровнян для трех белков, а в четвертом белке RIMO_SPHAL этот мотив расположен в некотором отдалении. Третий мотив выровнян практически ровно (исключая небольшие погрешности в виде гэпов - видимо, так цена выравнивания больше)
3. Поиск найденных мотивов в других последовательностях
Проведем программой MAST поиск мотивов, найденных программой MEME, в последовательностях, из которых составлено выравнивание (seed) домена NeuB белка SPSE_BACSU, взятое из Pfam.
Для начала, извлечем последовательности из выравнивания (то есть уберем знаки пробелов и переведем в fasta-формат) программой degapseq:
degapseq seed.msf seed.fastaЗатем запустим программу emast:
emast -dfile seed.fasta memeout.txt mastout.htmlТеперь откроем полученный файл mastout.html браузером и найдем в нем интересующую нас информацию.
Первый, второй и третий мотивы нашлись в 1, 155(есть два вторых мотива в одном белке) и 154(но в двух по два третих мотива) последовательностях соответственно (из 158, содержащихся в seed.txt).
Только в одной последовательности ношлось три мотива сразу
Выравнивание не полностью соответствует выравниванию, взятому из Pfam