Задача: используя поисковую систему PubMed, описать, что известно о посттрансляционной модификации гистона H4 в клетках человека (мое задание - о триметилировании 20 лизина в гистоне H4 человека)
1. Регистрация на сайте NCBI.
На главной странице NCBI пройти по ссылке "Sign In" (в правом верхнем углу). Выбрать "Register for an account" и, следуя инструкциям, регистрируюсь как marinakalina.
2. Поиск и сохранение в коллекцию статей.
| Запрос в Query Translation |
Число найденных публикаций |
Число открытых публикаций |
Число найденных обзоров |
| "trimethyllysine"[Supplementary Concept] OR "trimethyllysine"[All Fields] |
273 |
77 |
11 |
| ("trimethyllysine"[Supplementary Concept] OR "trimethyllysine"[All Fields]) AND ("histones"[MeSH Terms] OR "histones"[All Fields] OR "histone"[All Fields]) |
41 |
15 |
0 |
| (("trimethyllysine"[Supplementary Concept] OR "trimethyllysine"[All Fields]) AND ("histones"[MeSH Terms] OR "histones"[All Fields] OR "histone"[All Fields])) AND h4[All Fields] |
9 |
3 |
0 |
| (histone[Title] AND h4[Title]) AND ("trimethyllysine"[Supplementary Concept] OR "trimethyllysine"[All Fields]) |
2 |
2 |
0 |
| (histone h4[Title] AND lysine 20[Title/Abstract]) AND modification[Title/Abstract] |
14 |
6 |
1 |
В коллекцию я добавила три, на мой взгляд, самые подходящие статьи. Коллекция
| Название |
Журнал |
Год |
Номер статьи в коллекции |
| Histone H4 hyperacetylation precludes histone H4 lysine 20 trimethylation. |
The Journal of biological chemistry |
2004 |
1 |
| Heterochromatin and tri-methylated lysine 20 of histone H4 in animals. |
Journal of cell science |
2004 |
2 |
| Postsynthetic trimethylation of histone H4 at lysine 20 in mammalian tissues is associated with aging. |
The Journal of biological chemistry |
2002 |
3 |
Гистоны — основной класс нуклеопротеинов, ядерных белков, необходимых для сборки и упаковки нитей ДНК в хромосомы.
Существует пять различных типов гистонов, названных H1/Н5, H2A, H2B, H3, H4.
Последовательность аминокислот в этих белках практически не различается в организмах различного уровня организации.
Гистоны — небольшие, сильно основные белки, связывающиеся непосредственно с ДНК.
Гистоны принимают участие в структурной организации хроматина, нейтрализуя за счет положительных зарядов аминокислотных остатков отрицательно заряженные фосфатные группы ДНК, что делает возможной плотную упаковку ДНК в ядре.
Таблица с описанием модификаций - Histone Modification Table
Оттуда видно, что триметилирование, помимо моего случая, также встречается в Lys 9 гистона H3
3. Описание статей
Статья 1. Histone H4 hyperacetylation precludes histone H4 lysine 20 trimethylation. (Гиперацетилирование гистона H4 исключает триметилирование дизина 20 гистона H4)
Триметилированные осатки лизина локализованы в гетерохроматине, следовательно увеличение триметилирования указывает на накопление хроматина, который плотно уложен и не транскрибируем при дифференциации и накоплении клеток в стационарной фазе.
Гипотриметилирование Lys 20 коррелирует с гиперацетилированием Lys 20, и наоборот (т.е. было показано, как эухроматин можно преобразовать в гетерохроматин посредством ингибирования)
Цитаты:...Since we show that trimethylated H4-Lys(20) is localized to heterochromatin, the increase in H4-Lys(20) trimethylation observed indicates an accumulation of chromatin-dense and transcriptionally silent regions during differentiation and during the accumulation of control cells in the stationary phase, respectively...
Summarizing, histone H4-Lys(20) hypotrimethylation correlates with H4 hyperacetylation and H4-Lys(20) hypertrimethylation correlates with H4 hypoacetylation. The results provide a model for how transcriptionally active euchromatin might be converted to the compacted, transcriptionally silent heterochromatin.
Статья 3 Postsynthetic trimethylation of histone H4 at lysine 20 in mammalian tissues is associated with aging. (Постсинтетическое триметилирование лизина 20 в гистоне H4 в тканях млекопитающих связано с возрастом)
Увеличение триметилирования лизина 20 в гистонах H4 связано с возрастом - в органах животных старше 30 дней модификация гораздо больше распространена, чем в органах молодых особей. В то же время моно- и диметилированные формы не претерпели существенных изменений с возрастом. Также триметилирование было обнаружено в трансформированных клетках в следовых количествах.
Цитаты:
A significant increase in this trimethylated histone H4 was detected in organs of animals older than 30 days, whereas the amounts of mono- and dimethylated forms did not essentially change in organs from young (10 days old) or old animals (30 and 450 days old). Trimethylated H4 was also detected in transformed cells; although it was present in only trace amounts in logarithmically growing cells, we found an increase in trimethylated lysine 20 in cells in the stationary phase.
Вывод:
данная модификация локализована в нетранскрибируемом гетерохроматине. С этой модификацией коррелирует ацетилирование Lys 20 (обратно пропорционально)(т.е. возможен переход эухроматин-гетерохроматин посредством ингибирования). Триметилирование становится более распространенным с возрастом животного (и человека, видимо, тоже), что говорит об увеличении доли гетерохроматина в целом.