Поисковые системы


1. С помощью SRS найти мой белок в банке SwissProt и описать не менее трех "особенностей" (features) в его аминокислотной последовательности
Результат запроса Описание 
 ID   SPSE_BACSU_2;  parent: SPSE_BACSU
FT   DOMAIN      305    367       AFP-like.
SQ   Sequence    63 AA;
     GIFTTAPIQK GEAFSEDNIA VLRPGQKPQG LHPRFFELLT SGVRAVRDIP ADTGIVWDDI
     LLK
//
Участок с 305 по 367 аминоскилотный остаток похож на AFP-домен (Это альфа-фетопротеин - опухолеассоциированный гликопротеин, который функционирует в сфере регулирования опухоли и онтогенетического и онкогенного роста. Недавно было установлено, что этот домен может индуцировать апоптоз). 
ID   SPSE_BACSU_6;  parent: SPSE_BACSU
FT   TURN         25     29
SQ   Sequence     5 AA;
     INHDG
//
Участок с 25 по 29 аминоскилотный остаток соответсвует β-повороту.
Последовательность из 5 остатков: Ile-Asn-His-Asp-Gly		 
ID   SPSE_BACSU_7;  parent: SPSE_BACSU
FT   HELIX        31     44
SQ   Sequence    14 AA;
     LDQAFALIDA AAEA
//
Участок с 31 по 44 аминоскилотный остаток соответсвует α-спирали.
Последовательность из 14 остатков:
Leu-Asp-Gln-Ala-Phe-Ala-Leu-Ile-Asp-Ala-Ala-Ala-Glu-Ala


2. Описание всех записей банка трехмерных структур PDB, относящихся к моему белку.
Файл, сохраненный из SRS.
Только одна структура: PDB:1VLI

3. Определение, сколько белков в UniProt имеют тот же код белка или примерно то же описание (DE)

DE		RecName: Full=Spore coat polysaccharide biosynthesis protein spsE


CC		-!- PATHWAY: Spore coat biogenesis; spore coat polysaccharide biosynthesis. 
CC		-!- SIMILARITY: Contains 1 AFP-like domain.
Таблица встеречаемости в SwissProt белков из Firmicutes , имеющих функцию, сходную с функцией белка SPSE_BACSU из Bacillus subtilis
Формулировка функции белка Строка запроса Количество найденных документов
polysaccharide biosynthesis (([swissprot-Organism:Firmicutes*] & [swissprot-Description:polysaccharide*]) & [swissprot-Description:biosynthesis*]) 32
Spore coat biogenesis ([swissprot-Organism:Firmicutes*] & ((([swissprot-Comment:Spore*] & [swissprot-Comment:coat*]) & [swissprot-Comment:biogenesis*]) > parent )) 11
spore coat polysaccharide biosynthesis([swissprot-Organism:Firmicutes*] & (((([swissprot-Comment:Spore*] & [swissprot-Comment:coat*]) & [swissprot-Comment:polysaccharide*]) & [swissprot-Comment:biogenesis*]) > parent )) 11
Contains AFP-like domain (([swissprot-Organism:Firmicutes*] & ([swissprot-Comment:AFP-like*] > parent )) & ([swissprot-Comment:domain*] > parent )) 1
SPS? ([swissprot-Organism:Firmicutes*] & [swissprot-ID:sps?*]) 11


4. Полноразмерные последовательности найденных белков в fasta формате.
запрос: ([swissprot-Organism:Firmicutes*] & (((([swissprot-Comment:Spore*] & [swissprot-Comment:coat*]) & [swissprot-Comment:polysaccharide*]) & [swissprot-Comment:biogenesis*]) > parent ))

То есть находим все белки из SPS семейства (их 11)
fasta

5. Cписок последовательностей из задания 4, в котором указаны ID, AC последовательностей, организм (Species), название белка (Description) и длина последовательности

Таблица с данными.