1. Поиск в геноме участков, кодирующих белки, похожие на заданный
Число находок с E-value < 0,001 |
1 |
E-value лучшей находки |
3e-47 |
Название последовательности с лучшей находкой |
> embl|AL766849|AL766849 Streptococcus agalactiae NEM316 complete genome, segment 7 |
Координаты лучшей находки (от-до) |
90245 - 89244 |
Доля последовательности вашего белка, вошедшая в выравнивание с лучшей находкой |
94,4% [(372-17+1-4)/373] |
2. Нахождение записи EMBL по последовательности программой BLASTN
a) Последовательность присутствует в записи >EM_PRO:AP009380 AP009380.1 Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 DNA, complete genome.
б) Координаты заданной последовательности в записи - 597660 - 597839, направление последовательности совпадает с направлением записи
в) да, участок с 597360 по 597950 записи (который кодирует дТДФ-4-дегидрорамноза 3,5-эпимеразу) пересекается с последовательностью. Направление совпадает.
FT CDS 597360..597950 FT /codon_start=1 FT /transl_table=11 FT /locus_tag="PGN_0547" FT /product="dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase" FT /db_xref="GOA:B2RI71" FT /db_xref="InterPro:IPR000888" FT /db_xref="InterPro:IPR011051" FT /db_xref="InterPro:IPR014710" FT /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:B2RI71" FT /protein_id="BAG33066.1" FT /translation="MNFIPTEIPEVVILEPRLFRDDRGYFFESFSRQEIETGIRPINFV FT QDNESASRYGVLRGLHFQKPPHAQSKLVRVVRGCVIDYAVDIRFGSPTFGKYVAVELSD FT TNFRQLFIPRGFAHGFVVLSDEVVFQYKCDNYYAPQSEGAIAWNDSNLDIDWKIPVEDI FT ILSAKDQANPSWTELISSEDFRNLFPYNQDLYE"
3. Поиск гомологов гена программой BLASTN
К сожалению, гомологов гена SPSE_BACSU не нашлось ни в геноме Streptococcus agalactiae (как в 1 задании), ни в других предложенных геномах. Изменение evalue (даже до 10000) также не дает результатов. Это связано, как мне кажется, с тем, что по сравнению с первым заданием, где мы по аминокислотной последовательности искали гомологов по нуклеотидной последовательности (возможна вариабельность триплетов), в данном случае задана строгая нуклеотидная последовательность, а так как в первом задании нашелся всего один гомолог, неудивительно, что сейчас ничего не находится.