1. Знакомство со структурой банка EMBL посредством поисковой системы SRS
a) Дата последнего (113) проиндексированного релиза EMBL - 18 сентября 2012 года. Количество записей - 82772678
b) Список классов банка EMBL
| Обозначение класса | Описание класса | Число проиндексированных SRS записей |
| CON | Constructed sequence | не проиндексированы в SRS |
| EST | Expressed Sequence Tag | не проиндексированы в SRS |
| GRV | Genome Reviews | не проиндексированы в SRS |
| GSS | Genome Survey Sequence | 34528104 |
| HTC | High Throughput cDNA sequencing | 491770 |
| HTG | High Throughput Genome sequencing | 152599 |
| MGA | Mass Genome Annotation | не проиндексированы в SRS |
| PAT | Patent | 24364832 |
| SET | Project set (EMBL WGS Masters only) | не проиндексированы в SRS |
| STD | Standard | 13920617 |
| STS | Sequence Tagged Site | 1322570 |
| TSA | Transcriptome Shotgun Assembly | 7992186 |
| WGS | Whole Genome Shotgun | не проиндексированы в SRS |
c) Список разделов банка EMBL
| Обозначение раздела | Описание раздела | Число записей в релизе |
| ENV | Environmental Samples (Проба окружающей среды) | 7762556 |
| FUN | Fungi (Грибы) | 2402829 |
| HUM | Human (Человек) | 11304977 |
| INV | Invertebrates (беспозвоночные) | 7398340 |
| MAM | Other Mammals (Другие млекопитащие) | 6741732 |
| MUS | Mus musculus (Мышь домовая) | 5163724 |
| PHG | Bacteriophage (Бактериофаг) | 8503 |
| PLN | Plants (Растения) | 20284404 |
| PRO | Prokaryotes (Прокариоты) | 1639517 |
| ROD | Rodents (Грызуны) | 1313761 |
| SYN | Synthetic (Синтетические) | 4045013 |
| TGN | Transgenic (Трансгенные) | 285306 |
| UNC | Unclassified (Неклассифицированные) | 8617170 |
| VRL | Viruses (Вирусы) | 1358516 |
| VRT | Other Vertebrates (Другие позвоночные) | 4446330 |
2. Описание гена SMRNP в записи банка EMBL
FT exon 137228..137263 FT /gene="SMRNP" FT /number=1 FT CDS join(137261..137263,137876..137943,145514..145544, FT 145972..146031,146139..146264) FT /codon_start=1 FT /transl_table=1 FT /gene="SMRNP" FT /product="small nuclear ribonuclear protein D homolog" FT /note="alternative name: G7b" FT /db_xref="GDB:11504829" FT /db_xref="GOA:Q9Y333" FT /db_xref="HGNC:13940" FT /db_xref="HSSP:1B34" FT /db_xref="InterPro:IPR016654" FT /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q9Y333" FT /protein_id="BAB63302.1" FT /translation="MLFYSFFKSLVGKDVVVELKNDLSICGTLHSVDQYLNIKLTDISV FT TDPEKYPHMLSVKNCFIRGSVVRYVQLPADEVDTQLLQDAARKEALQQKQ" FT exon 137876..137943 FT /gene="SMRNP" FT /number=2 FT exon 145514..145544 FT /gene="SMRNP" FT /number=3 FT exon 145972..146031 FT /gene="SMRNP" FT /number=4 FT exon 146139..146264 FT /gene="SMRNP" FT /number=5
- направление - прямое
- кодирующих участков 5
- длина первого кодирующего участка - 3 нуклеотида, последнего - 26 нуклеотидов (к разнице прибавляем один)
- длина первого интрона - 612, последнего интрона - 107 (из разности вычитаем один)
3. Нахождение белка по фрагменту гена
Выбрала самый длинный кодирующий участок - 146139..146264 - в отдельный файл:
Запустила команду seqret -sask
"input (gapped) sequence" - имя исходного файла (BA000025.embl)
"Begin at position [start]:" - начало вырезаемого участка
"End at position [end]:" - конец вырезаемого участка
"Reverse strand" - "n" - если участок на прямой цепи, "y" - если на обратной
Задать имя выходного файла
Полученный файл
На странице BLAST
Выбрать команду blastX, которая ищет белквую последовательность по нуклеотидной
В поле "Enter Query Sequence" ввести вырезанную последовательность
В поле "database" выбрать Swiss-Prot
Запустить поиск
Результаты поиска:
100% идентичность у белка с AC Q9Y333.1, хотя все первые четыре последовательности обладают похожим описанием. Данный белок (U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2) совпадает с экзоном на участке с 55 по 95 аминокислотный остатки.
4. Сылки из записи банка Swiss-Prot на записи банка EMBL
Получить запись - entret sw:spse_bacsu
Результаты:
Эти две записи разных годов - 1993 и 2002. Причем в 1993м году белок записан как фрагмент генома (325-333) а в 2002 - для полного генома Bacillus subtilis.