Портал EnsEMBL расположен по адресу http://www.ensembl.org и предназначен для визуализации известной информации о геномах человека и животных.
Надо найти информаци о гене SMRNP человека, который я описывала на занятии по EMBL.
Провожу поиск по последовательности самого длинного экзона (последовательность находится в файле smrnp.fasta в геноме человека с помощью сервиса BLAT.
Интерфэйс поиска понятен даже неопытному пользователю подобных программ, также возможно изменение способа задания последовательности - нуклеотидный и аминокислотный (что тоже приятно), также можно выбрать искомый вид или виды и программы поиска.
Также изменяется количество выдаваемых последовательностей. Выдаваемый результат нагляден, да и программа, в отличие от BLASTа, думает гораздо меньше.
Выдаваемый результат:
а) изображение криотипа (в нашем случае - человека), с выделенной областью расположения нашего участка.
б) Расположение совпадений относительно запроса.
Внизу расположена таблица находок (их несколько, но 100% выравнивание только в случае первой, которая находися на 6 хромосоме). Ее точные координаты - 31765534-31765659, вес 635, E-value 3.5e-104. процент сходства - 100.00%, длина 126
Слева от записи находки имеются три гиперссылки: [A], [G] и [C], нам сейчас нужна ссылка [C] (ContigView)
в) открывается страница "Region in detail". На странице наглядно представлено расположение заданного фрагмента относительно других контигов (набора перекрывающихся фрагментов ДНК, которые вместе составляют консенсусную область ДНК)
Информация - в виде схем-картинок. Возможен переход к изображенным генам и другим структурам
Сначала представлено положение последовательности гена на хромосоме (отмечено красным)
Далее - раздел "Region in detail". На следующей схеме показан участок хромосомы с позицией рассматриваемого гена. Контиги показаны синим цветом (светлый и темным)
Еще ниже - схема, на которой зеленым изображена ДНК нашего участка, также можно увидеть выделенный красным участок, обозначающий закодированный белок
Вкладка "Comparative Genomics - Alignment (image)" осуществляет парное выравнивание участков геномов (наглядное представление результатов), "Alignment (text)" - сравнивает нуклеотидные последовательности.
Можно выровнять нашу шестую хромосому с нашей последовательностью с шестой хромосомой шимпанзе. Видны белые вертикальные полосы (гэпы).
2. Другие геномные браузеры
1) UCSC
Более строгий интерфейс, выдержанная цветовая гамма
Искала свою последовательность. Ниже представлено изображение хромосомы
Ниже приводится схема с множественным выравниванием, под которой можно изменять многочисленные параметры выдачи визуальных данных. Их так много, что разобраться в них интуитивно почти невозможно.
2) NCBI
Представление данных резко отличается от предыдущих браузеров (начиная с вертикального представления информации, заканчивая общим оформлением). Изображение хромосомы маленькое и сбоку, сервис предлагает посмотреть таблицы, но, на мой взгляд, представление информации в виде картинки гораздо более наглядно и понятно.
