Получим фрагмент генома O.scapharcae из записи AEWH01000006 банка EMBL с началом 77001 и длинной 7000 нуклеотидов
seqret -sask
Получаем файл sequence.fasta с необходимой последовательностью
1. Получим полный протеом B. subtilis из Swiss-Prot:
seqret sw:*_bacsu
Создадим файлы для поиска программами пакета BLAST:
makeblastdb -in 2npd_bacsu.fasta -dbtype prot -out bs
2. Извлечем из нашего участка генома трансляции всех открытых рамок считывания длиной не менее 240 нуклеотидов (-minisize 240).
Также используем стандартный для бактерий (bacterial) генетический код (-table 11), открытой рамкой считаем последовательность, начинающуюся со старт-кодона и заканчивающуюся стоп-кодоном (-find 1):
getorf sequence.fasta -find 1 -table 11 -minisize 240 -out AEWH01000012.orf
3. Создадим книгу Excel, включающую информацию обо всех открытых рамках считывания. Для каждой рамки укажем начало, конец, направление на цепи, число сходных последовательностей, найденных программой BLAST в протеоме B. subtilis при условии E-value<0,001.
Для подсчета числа гомологов воспользуемся BLASTP:
blastp -db bs -query result.orf -outfmt 6 -evalue .001 > bs.txt
Напишем скрипт, посчитаем количество гомологов, получили результат
Запишем все данные в таблицу Excel
4. Рамки, для которых нашлась хотя бы одна сходная последовательность
| Рамка | Начало во фрагменте | Конец во фрагменте | Направление | Количество находок BLASTP | Идентификатор гомолога | E-value находки |
| AEWH01000012_2 | 3666 | 4541 | прямое | 1 | YITL_BACSU | 2e-69 |
| AEWH01000012_3 | 5551 | 6750 | прямое | 4 | GLTT_BACSU | 4e-77 |
| AEWH01000012_10 | 3078 | 2329 | обратное | 2 | YDHC_BACSU | 3e-08 |
| AEWH01000012_11 | 1267 | 332 | обратное | 2 | DAPA_BACSU | 1e-63 |
| AEWH01000012_12 | 316 | 2 | обратное | 7 | ALDH4_BACSU | 1e-18 |
5. Схематическое изображение положения на фрагменте тех открытых рамок, для которых нашлись сходные последовательности в B. subtilis:
5'---------------------------------------------------------[YITL,3666-4541]------[GLTT,5551-6750]----3' 3'[ALDH4,2-316]-[DAPA,332-1267]------[YDHC,2329-3078]------------------------------------------------5'
Перекрываний нет, все открытые рамки могут одновременно считаться генами, причем расстояние от рамки 316-2 до рамки 1267-332 слишком маленькое (16 нуклеотидов), поэтому это может быть одним геном.
6. Сравним взаимное расположение предполагаемых генов данного фрагмента и гомологичных им генов в геноме сенной палочки.
Смотрим на запись о геноме B. subtilis Видим, что гены находятся на очень далеком расстоянии друг от друга (по координатам). Поэтому гены не консервативны