1.Сбор информации о ферменте SPRE_HUMAN
| EC код |
1.1.1.153 |
| PDB ID |
1Z6Z |
| Название |
Сепиаптерин редуктаза |
Катализируемая реакция |
(1)L-эритро-7,8-дигидробиоптерин + НАДФ+ = сепиаптерин + НАДФН + Н+
|
| EC 1 |
Оксидоредуктазы |
| EC 1.1 |
Действуют на CH - OH группу доноров |
| EC 1.1.1 |
Используют НАД+ или НАДФ+ в качестве акцептора |
Схема реакций
2. Поиск других белков человека со сходными функциями (в Swiss-Prot)
EC код
Число записей в SWISS-PROT
1.*.*.*
549
1.1.*.*
120
1.1.1.*
99
1.1.1.153
1
3. Насколько сохраняется функция SPRE_HUMAN у белков со сходными последовательностями
2. Поиск других белков человека со сходными функциями (в Swiss-Prot)
| EC код |
Число записей в SWISS-PROT
|
| 1.*.*.* |
549 |
| 1.1.*.* |
120 |
| 1.1.1.* |
99 |
| 1.1.1.153 |
1 |
3. Насколько сохраняется функция SPRE_HUMAN у белков со сходными последовательностями
С помощью SRS получила список белков мыши Mus musculus из Swiss-Prot, у которых класс совпадает с белком SPRE_HUMAN (EC 1). Таких нашлось 549.
Список белков с EC кодами
fasta-последовательности этих белков
Среди этих белков 115 имеют тот же подкласс (EC 1.1), что и SPRE_HUMAN, 97 тот же подподкласс (EC 1.1.1) и 1 полностью совпадающий (EC 1.1.1.153)
Теперь с помощью программы blastp среди найденных белков можно определить сходные по последовательности с ферментом SPRE_HUMAN.
При этом было использовано значение e-value, равное 1.
seqret sw:spre_human
makeblastdb -in fasta.fasta -out rm -dbtype prot
blastp -query spre_human.fasta -db rm -out gomologes.out -evalue 1 -outfmt 6
Полученный файл gomologes.out содержит 24 выравнивнивания с e-value меньше, чем 1. При этом первые 14 имеют e-value не больше 3e-04. Я считаю, их можно считать достоверными гомологами.
Вот они
| ID белка | E-value | EC | Совпадение классификации |
| SPRE_MOUSE | 4e-140 | 1.1.1.153 | Полное совпадение классификации |
| CBR2_MOUSE | 3e-10 | 1.1.1.184 | Совпадает класс, подкласс и подподкласс |
| DRS7B_MOUSE | 8e-10 | 1.1.-.- | Совпадает только класс и подкласс |
| CBR4_MOUSE | 7e-09 | 1.-.-.- 1.1.1.- |
Совпадает либо только класс, либо все до подподподкласса |
| DHB3_MOUSE | 2e-08 | 1.1.1.64 | Совпадает класс, подкласс и подподкласс |
| DHRS1_MOUSE | 1e-07 | 1.1.-.- | Совпадает только класс и подкласс |
| DHRS7_MOUSE | 1e-07 | 1.1.-.- | Совпадает только класс и подкласс |
| DHRS4_MOUSE | 1e-07 | 1.1.1.184 | Совпадает класс, подкласс и подподкласс |
| DCXR_MOUSE | 2e-07 | 1.1.1.10 | Совпадает класс, подкласс и подподкласс |
| RDHE2_MOUSE | 2e-06 | 1.1.1.105 | Совпадает класс, подкласс и подподкласс |
| PGDH_MOUSE | 7e-06 | 1.1.1.141 | Совпадает класс, подкласс и подподкласс |
| DHI1_MOUSE | 1e-04 | 1.1.1.146 | Совпадает класс, подкласс и подподкласс |
| DHRSX_MOUSE | 1e-04 | 1.1.-.- | Совпадает только класс и подкласс |
| DHB2_MOUSE | 3e-04 | 1.1.1.62 1.1.1.239 |
Совпадает класс, подкласс и подподкласс |
Среди выравниваний много белков, у которых совпадает с моим белком SPRE_HUMAN EC-код вплоть до подподкласса. Из этого можно сделать вывод, что сходство катализируемых реакций обеспечивает достаточное сходство в последовательности белков.