Задание 1. Определение метаболических путей с участием PRPE_HUMAN
В записи Swiss-Prot этого белка находим ссылку на KEGG. Идентификатор PRPE в KEGG - hsa:6697(hsa - 'Homo sapiens')
Проведя поиск по идентификатору, находим метаболические пути с участием этого белка в графе pathway
hsa00790 Folate biosynthesis hsa01100 Metabolic pathways
Карта hsa00790
Задание 2. Поиск в KEGG структурных формул фосфоенолпирувата и L-тирозина
С главной страницы KEGG пройдем по гиперссылке KEGG2 ("KEGG Table of Contents"), а с открывшейся страницы – по гиперссылке KEGG LIGAND. Проведем поиск каждого из веществ по базе лигандов.
| Название | Name | KEGG ID | Структура |
| Фосфоенолпируват | Phosphoenolpyruvate; Phosphoenolpyruvic acid; PEP |
C00074 |  |
| L-тирозин | L-Tyrosine; (S)-3-(p-Hydroxyphenyl)alanine; (S)-2-Amino-3-(p-hydroxyphenyl)propionic acid; Tyrosine |
C00082 |  |
Задание 3. Поиск метаболического пути от фосфоенолпирувата к L-тирозину
С главной страницы KEGG пройдем по гиперссылке KEGG PATHWAY, а затем по гиперссылке Search&Color Pathway.
В поле запроса введем идентификаторы соединений. Фосфоенолпируват раскрасим красным, L-тирозин - зеленым:
C00074 red C00082 green
Из списка карт выберем ту, которая содержит оба соединения
Карта ko00400
Выбранная цепочка ферментативных реакций:
путь: биосинтез фенилаланина, тирозина и триптофана
цепочка: фосфоенолпируват --> L-тирозин
Пусть лежит через такие промежуточные соединения (они выделены желтым цветом) :
2-Dahp (C04691);
3-Dehydroquinate (C00944);
3-Dehydroshikimate (C02637);
Shikimate (C00493);
Shikimate 3-phosphate (C03175);
5-O-(1-Carboxyvinyl)-3-phosphoshikimate (C01269);
Chorismate (C00251);
Prephenate (C00254);
L-Arogenate (C00826)
Задание 4. Сравнение метаболических путей у разных организмов
Определим, возможна ли выбранная в предыдущем упражнении цепочка ферментативных реакций у организмов, перечисленных в таблице ниже.| Организм | Возможность цепочки | Обоснование |
| Bacillus subtilis | Возможна только по альтернативному пути Карта |
Цепочка возможна по альтернативному пути (не через интермедиат L-Arogenate, а через 3-(4-Hydroxyphenyl)pyruvate). Все ферменты, необходимые для этих реакций, присутствуют |
| Archaeoglobus fulgidus | Нет Карта |
Нет необходимых ферментов (EC 2.5.1.54, превращающий PEP в 2-Dahp, EC 4.2.3.4 (2-Dahp --> 3-Dehydroquinate), EC 2.6.1.57 (Prephenate --> L-Arogenate), EC 1.3.1.43 (L-Arogenate --> Tyrosine)) |
| Arabidopsis thaliana | Да Карта |
Присутствуют все ферменты, необходимые для осуществления цепочки реакций |
| Homo sapiens | Нет Карта |
Нет ферментов ни для каких реакций, кроме последней, и то только для альтернативной цепи. |
