Описание гена Q9RPX9
| Название | Type IV secretion system protein VirB6 (белок VirB6 системы секреции IV типа) |
| Организм | Brucella suis biovar 1 (strain 1330) |
| KEGG | bms:BRA0064 bsi:BS1330_II0064 |
GO описания белка и системы секреции IV типа
| GO | Название | Онтология | Определение |
| GO:0005886 | Цитоплазматическая мембрана | Клеточный компонент | Мембана, которая окружает клетку, отделяет ее от окружающей среды. Она состоит из фосфолипидного бислоя и встроенный белков. |
| GO:0016021 | Встроенный в мембрану | Клеточный компонент | Пронизывает хотя бы один фосфолипидный бислой мембраны. Также может быть целиком погружен в бислой, без вустапающих наружу частей. При описании этого белка стоит заметить, что все или часть пептидных последовательностей встроена в мембрану. |
| GO:0009405 | Патогенез | Биологический процесс | Совокупность специфических процессов, которые обуславливают способность вызывать заболевания у других организмов |
| GO:0030255 | Секреция белков с помощью системы секреции IV типа | Биологический процесс | Процессы, в которых белки транспортируются в межклеточную среду или прямо в клетку хозяина посредством системы секреции IV типа |
Роль белка Vir6B в система T4SS (type IV secretion system)
 |
T4SS - основной механизм для секреции и захвата макромолекул у бактерий. Точный механизм действия пока не ясен (активно изучается). T4SS кодируется у грам-отрицательных бактерий. T4SS - комплекс клеточной оболочки и других 11-13 белков, которые оразуют канал, через который ДНК и белки могут перемещаться из цитоплазмы в донорную клетку или в цитоплазму из клетки-реципиента. Вдобавок к этому, T4SS также секретирует белковый фактор вирулентности прямо в клетке хозяина также хорошо, как и ДНК из среды в ходе естественной трансформации, что показываетс универсальность этого аппарата секреции макромолекул. |
Поиск гомологов T4SS protein VirB6 в геномах других бактерий
Отбираем 10 ортологов из разных геномов. Параметры = +-15000 оснований от гена, E-value: 1e-7
VirB6 везде аннотирован правильно и отнесен к нужной системе. Заметно, что система сохраняется достаточно полно, хотя относительное расположение генов может немного меняться. Все указанные гены были отнесены в SEED к правильной системе.
| Номер | Название | Встречаемость (из 10) |
| 1 | VirB6 | 10 |
| 2 | VirB5 | 9 |
| 3 | VirB8 | 8 |
| 4 | VirB9 | 8 |
| 5 | VirB10 | 8 |
| 6 | VirB4 | 8 |
| 7 | VirB11 | 8 |
| 8 | VirB1 | 6 |
| 9,12 | VirB3 | 7 |
| 10 | VirB2 | 4 |
По выдаче SEED видно, что гены под номерами 3,5 и 6 находятся достаточно близко к гену 1. При этом мы знаем, что в системе это самые близкие по расположению белки к VirB6