1. Введение мутации в белок

Мутация вводилась в зону контакта белка 1LMP и лиганда (рисунок 1).

Рисунок 1. Изображение структуры белка 1LMP с лигандом

Оценка зоны контакта

Для того, чтобы выбрать остаток, взаимодействуюзий с лигандами, были найдены атомы азота и кислорода, расстояние между которыми не превышает 3.5 ? (длину водородной связи):

remove resn HOH
select ligand, 1LMP and resn nag+ndg
select cont, 1LMP and not name C* within 3.5 of (ligand and not name C*)
select lcont, ligand and not name C* within 3.5 of (1LMP and not name C*)
select rcont, byres cont
distance bond, cont, lcont, 3.5


 На рисунке 2 показаны остатки, обеспечивающие взаимодействия белка с лигандом. 


 Рисунок 2.  Водородные связи между атомами азота и кислорода белка и лиганда. 
 

 Выберем два остатка, например Asp101 и Asn103 (рисунок 3) 



 Рисунок 3.  Остатки Asp101 и Asn103, взаимодействующие с лигандом 
 

Средствами Wizard->Mutagenesis заменили данные остатки на два валина, получили структуру  1LMP_mut.pdb 
На рисунке 4 показаны остатки Val (в положениях 101 и 103 и лиганд). Видим, что взаимодействие пропало. 



 Рисунок 4.  Остатки Val101 и Val103, не взаимодействующие с лигандом 
 

 2. Создание анимационного ролика 

Данный видеоролик сделан с помощью скрипта 


Чтобы объединить получившиеся изображений в один видеоролик, поспользуемся командой:
ffmpeg -i 1lmp_mut0%03d.png -b:v 5000000 -c:v libx264 movie_1lmp.mp4



Видеоролик представлен ниже



 Присоединение флуоресцентной метки TAMRA 
Флуоресцентную метку присоеднияе к белку через сложноэфирную связь, меняя торсионный угол так, 

чтобы не возникало явных структурных перекрытий. 

 
 Файл с меткой в  .sdf формате 

использовался следующий скрипт 




 Построение полиаланиновой спирали 

 Спираль была построена с помощью следующего  скрипта 




			
	
				
 © Marina Kalinina