Jalview

► Глобальное парное выравнивание

Результат парного глобального выравнивания последовательностей белков организмов Bacillus subtilis и Escherichia coli, выполненного с помощью программы needle, представлен в Таблице 1.

Таблица 1

Protein name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
Carbamoyl-phosphate synthase small chain	CARA_ECOLI	CARA_BACSU	794.5	45.3%	57.0%	40	9
Methylenetetrahydrofolate dehydrogenase	FOLD_ECOLI	FOLD_BACSU	712.0	50.3%	64.6%	5	2
Chemotaxis protein CheA	CHEA_ECOLI	CHEA_BACSU	1042.5	33.9%	56.5%	68	14

Рекомендованные названия белков указаны для организма E.coli. Название первого белка в записи организма B.subtilis незначительно отличается: Carbamoyl-phosphate synthase pyrimidine-specific small chain.

► Локальное парное выравнивание

Результат парного локального выравнивания последовательностей белков организмов Bacillus subtilis и Escherichia coli, выполненного с помощью программы water, представлен в Таблице 2.

Таблица 2

Protein name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Cove- rage 1	Cove- rage 2
Carbamoyl-phosphate synthase small chain	CARA_ECOLI	CARA_BACSU	798.5	47.2%	58.9%	30	6	97.6%	96.4%
Methylene- tetrahydro- folate dehydro- genase	FOLD_ECOLI	FOLD_BACSU	719.0	52.2%	66.9%	1	1	96.5%	97.9%
Chemotaxis protein CheA	CHEA_ECOLI	CHEA_BACSU	1046.5	34.7%	57.9%	54	13	97.6%	99.7%

► Выравнивание негомологичных последовательностей

В глобальном выравнивании негомологичных белков LGOR_ECOLI и AMPA_BACSU вес выравнивания составил 39.5 единиц, было отмечено 37 совпадающих и 60 схожих аминокислот. Большую часть выравнивания заняли гепы (546/675).

В локальном выравнивании той же пары негомологичных белков вес составил 45.5 единиц, было найдено 44 совпадающих и 69 схожих белков. Гепов в этот раз было выделено лишь 75, однако стоит заметить, что большая часть последовательности в локальном выравнивании была вырезана.

► Fasta-формат; импорт в Jalview

Глобальное выравнивание белков FOLD_ECOLI и FOLD_BACSU в виде проекта Jalview.

► Глобальное выравнивание

В базе данных Swissprot насчитывается 199 белков с мнемоникой CARA.

Мноожественное выравнивание в Jalview.

Организмы:

Escherichia coli - кишечная палочка

Bacillus subtilis - сенная палочка

Bacillus anthracis - бацилла антракса, возбудитель сибирской язвы

Methanopyrus kandleri - метанообразующая архея

Synechococcus sp. - разновидность цианобактерии

Neurospora crassa - гриб отдела Аскомицетов

Thermotoga maritima - грамотрицательная бактерия

Исходя из результатов выравнивания можно предположить, что все белки гомологичны, поскольку существует несколько крупных консервативных учатков, характерных для каждой из последовательностей. Кроме того, есть много полуконсерватевных участков, где могут чередоваться аминокислоты со схожими свойствами (прим. серин и треонин; валин, аланин и изолейцин). Выравнивание показывает, что белки родственных организмов (бактерии из рода Bacilli) очень схожи, в то время как в гомологичных белках бактерии и гриба есть гораздо больше отличий.