Ⅰ Карта локального сходства
♦ Для построения карты локального сходства были выбраны полипротеины из организмов вируса-возбудителя полиомиелита (AC белка: P03300) и вируса Ящура (AC белка: P49303) (рис.1)
Рисунок 1, Plot of P03300.3 vs P49303.1
Характеристика выравнивания с наибольшем весом представлена в Таблице 1.
Таблица 1| Identities | Positivies | Length, P03300 | Length, P49303 | Gaps | Score | Score (bits) |
| 29% | 49% | 615 AA | 644 AA | 8% | 647 | 253 bits |
♦ Зрелые белки:
а) Для выравнивания с весом 647:
На участке выравнивания присутствует зрелый белок, повторяющийся у обоих организмов: RNA-directed RNA polymerase.
- Координаты цепи в белке P03300: 1748-2209 AA.
- Координаты цепи в белке P49303: 1864-2336 AA.
- Координаты выравнивания: 1594-2208 (P03300) и 1685-2328 (P49303).
Белки до и после указанных участков не совпадают.
б) Для выравнивания с весом 394:
В промежутках, выбранных для выравнивания последовательностей, не находится ни одной полной цепи зрелых белков, однако примерно на этом учатке локализуется часть цепи зрелого белка Protein 2C.
- Координаты цепи в белке P03300: 1128-1456 AA.
- Координаты цепи в белке P49303: 1109-1426 AA.
- Координаты выравнивания: 1234-1419 (P03300) и 1205-1384 (P49303).
Границы данного белка в последовательности не совпадают с границами, выбранными для выравнивания.
|| Сравнение веса выравнивания со случайным
♦ Таблица 2
| ID(1) | ID(2) | Score | Median | Quartile | Score (bits) | Probability | |
| Гомологичные | FOLD_ECOLI | FOLD_BACSU | 719.0 | 43,0 | 49,0 | 113.67 | 6.28·10-114 |
| Негомологичные | LGOR_ECOLI | AMPA_BACSU | 45.5 | 39,0 | 43,5 | 2,44 | 7.37·10-3 |
||| BLAST: поиск гомологов в банке
♦ Для последовательности с AC=ANW71455.1 были найдены два наиболее близких белка:
| 1. AC: A1KTB2 | ID: PANC_NEIMF | from: Neisseria meningitidis serogroup C |
| 2. AC: P57035 | ID: PANC_NEIMA | from: Neisseria meningitidis serogroup A |
В таблице 3 приведены параметры, описывающие сходство белков c исходной последовательностью.
Таблица 3
| Identity | Positivity | Len, ANW71455 | Len, 2nd | Score | Score, bit | Expect | Gaps | % Coverage | |
| A1KTB2.1 | 96% | 97% | 278 AA | 278 AA | 1403 | 545 | 0.0 | 0% | 100% |
| P57035.1 | 96% | 96% | 278 AA | 278 AA | 1393 | 541 | 0.0 | 0% | 100% |