Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичных структурах
| # | Имена атомов | Длина связи (A) | Угол N-O-C (°) |
|---|---|---|---|
| 1. | N(215GLN) - O(211LEU) | 2.92 | 161.9 |
| 2. | N(211LEU) - O(207ARG) | 3.02 | 142.7 |
| 3. | N(182SER) - O(179SER) | 3.04 | 118.0 |
| N(168ARG) - O(170VAL) | 3.07 | 175.9 | |
| 2. | N(198HIS) - O(191LEU) | 2.77 | 150.4 |
| 3. | N(232HIS) - O(197ILE) | 2.76 | 169.4 |
Случайные измерения длин водородных связей и углов между атомами, учавствующими в создании водородных связей, показывают, что:
а) Средняя длина водородной связи составляет ~ 2.9 A, что вписывается в указанные на лекции параметры (до 3.5 A)
б) Среднее значение угла составляет ~ 153°, что также вписывается в указанные параметры.
в) Длины водородных связей в альфа-спиралях и бета-тяжах приблизительно равнозначны.
д) Значение угла связей в бета-тяжах ближе к идеальному (180°), чем в альфа-спиралях.
Данная молекула представляет из себя димер актиносвязывающего белка гельзолина. В структуре молекулы можно заметить, что субъединицы димера контактируют в области двух пар бета-тяжей. В месте контакта образуются водородные связи.
Итог:
1) Скрипт
2) Используемая литература: