1. Характеристика генома эукариотического организма
• Русское название: Европейский кролик
• Латинское название: Oryctolagus cuniculus
• Описание: вид родом из южной Европы; Был одомашнен и дал современное разнообразие пород;
• Число сборок генома: 1 (GCA_000003625.1)
• Общая длина: 2,737,462,810
• Число контигов: 84,024
• Число скэффолдов: 3,318
• Contig N50: 64,648
• Contig L50: 12,076
• Число аннотированных белков: 38,549
• Публикация с описанием проекта: PRJNA12819
• Последовательность контига: контиг 7
2. Ключи из таблиц особенностей (Feature table)
| Название | Описание | Пример | Ссылка |
| CDS | Последовательность нуклеотидов, кодирующая белок | CDS 1..1017
/note="morbillivirus receptor"
/codon_start=1
/product="SLAM"
/protein_id="AYM26486.1"
/translation="MDHKGLLSSNVLLFFSLIIELSCRTGEGLTSSTKTIRGQLGSSV
LLPLASEEISRSMNKSIHILVTMAESPRDTVKKKIVSLDLRKGDSPRLEDGYEFHLEN
LSLRILKSRKEDEGWYFISLEENVSVQHFSLQLKLYEQVSTPQIKVLNSTQEDGNCSL
MLACVVEKGDHVTYNWSEEAGAPLLSPTNSSHLLYLTLGPQHANNVYICIASNPISNS
SQTFIPWSRCSSRPPESRQWGLYTGLFLGGIVGVIMILQVVILLLRRRGKTDNYQPTM
EAKSLTIYAQVQKSGSIQKRPDPLPAQDPCTTIYVAATEPVPEPIQESGSFTVYASVT
VPEC" |
MG669626.1 |
| misc_feature | Область, которая важна с биологической точки зрения, но при этом не может быть обозначена каким-либо уже существующим ключом (новая или редкая находка) | misc_feature 301..303
/gene="URM1"
/experiment="experimental evidence, no additional details
recorded"
/note="1-thioglycine. {ECO:0000255|HAMAP-Rule:MF_03048};
propagated from UniProtKB/Swiss-Prot (A9YUB5.1); modified
site" |
NM_001285664.1 |
| exon | последовательность нуклеотидов, кодирующая разновидности РНК | exon 36..106
/gene="URM1"
/inference="alignment:Splign:2.0.8" |
NM_001285664.1 |
| sig_peptide | последовательность, кодирующая N-терминальный домен сигнального пептида | sig_peptide 57..128
/gene="IL4"
/gene_synonym="BSF-1; IL-4"
/inference="COORDINATES: ab initio prediction:SignalP:4.0" |
NM_001285681.1 |
| mat_peptide | Последовательность, кодирующая белок, который впоследствии будет подвергаться посттрансляционной модификации | mat_peptide 129..461
/gene="IL4"
/gene_synonym="BSF-1; IL-4"
/product="Interleukin-4"
/experiment="experimental evidence, no additional details
recorded"
/note="propagated from UniProtKB/Swiss-Prot (P79155.1)" |
NM_001285681.1 |
| gap | Геп в последовательности | gap 69..2635
/estimated_length=2567 |
LC097144.1 |
| ncRNA | Последовательность, кодирующая молекулы РНК, участвующие не в трансляции, а в процессах транскрипции | ncRNA 15..36
/ncRNA_class="miRNA"
/gene="MIR194"
/gene_synonym="oar-mir-194"
/product="oar-miR-194"
/db_xref="miRBase:MIMAT0030039"
/db_xref="GeneID:102465815"
/db_xref="miRBase:MI0025261" |
NR_107953.1 |
3. Проект 100,000 Геномов (100,000 Genomes Project - 1KGP)
100,000 Genomes - это массовый геномный проект, целью которого является секвенирование 100 тысяч геномов людей с редкими заболеваниями. Анализируются геномы пациентов системы здравоохранения National Health Service Великобритании. Над проектом работает компания Genomics England.
• Проект был запущен в январе 2008 года, использовались методы секвенирования нового поколения. Предполагается, что результаты секвенирования могут быть полезны для медицины, анализа изучения редких заболеваний. На момент 1 октября 2018 года было отсекввеноравно 87,231 полных геномов пациентов, проект постепенно приближается к своему завершению.
• Проект ориентруется на редко встречающиеся заболевания, связанные с мутациями генов, а также на раковые заболевания. Хотя заболевания подобного рода очень индивидуальны, сравнительный анализ геномов может помочь понять причины тех или иных заболеваний, а также подобрать индивидуальную схему лечения для пациентов.
• Официальная страница проекта
• Список публикаций по проекту
4. Таблица митохондриальных генов Arthropoda
• Для поиска митохондриальных генов был взят таксон Arthropoda; текст запроса в ENA:
tax_tree(6656) AND mol_type="genomic DNA" AND topology="CIRCULAR" AND organelle="mitochondrion"
• Для анализа был взят вид Bombyx mori (Тутовый шелкопряд); Ссылка на запись в ENA;
• Таблица митохондриальных генов
