Информация о COG'е белка
Для выполнения задания использовался белок Пантоат-бета-аланин лигаза.
| Genbank: | ANW71455.1 |
| Название: | Pantoate-beta-alanine ligase / Panthothenate synthetase |
| Название (рус) | Пантоат-бета-аланин лигаза / Пантотенат-синтетаза |
| COG: | COG0414 |
| Функционалная группа | [Coenzyme transport and metabolism;] / [Транспорт и метаболизм коэнзимов] |
| E-value: | 3.32e-154 |
| Интервал: | 1-277; длина 278 aa |
| Функциональная активность | catalyzes the conversion of (R)-4-phosphopantoate and beta-alanine to 4'-phosphopantothenate in the CoA biosynthesis pathway |
| Функциональная активность (рус) | катализ конверсии пантоевой кислоты и бета-аланина в пантотеновую кислоту (Витамин B5) в биосинтетическом пути КоА |
Визуализация геномного окружения
Визуализация геномного окружения создана с помощью COGNAT. На рисунке 1 представлена лишь часть всего списка всех организмнов, полный список доступен по ссылке.
Параметры:
COG: COG0414
Neighborhood Size: 9
Occurrence Threshold (%): 20
Taxonomy: НЕТ
Подписи к рисунку (цветными стрелками обозначены гены из геномного окружения):
Пантоат-синтетаза показана на рисунке желтым цветом. Геномное окружение можно назвать достаточно косервативным для определенных групп организмов. На приведенном фрагменте видно, что ген фермента Кетопантоат-метилдезокситрансвераза с COG = COG0413 часто находится слева от гена пантоат-синтетазы, однако если обратиться к полному файлу, приведенному по ссылке выше, видно, что это наблюдается далеко не у всех организмов. По своей функциональной активности Кетопантоат-метилдезокситрансвераза участвует в метаболизме и транспорте коэнзимов, также как и пантоат-бета-аланин лигаза, соответственно логично предположить, что их функциональное значение в клетке связано. В общем случае гены в геномном окружении могут меняться местами друг с другом , находиться на разном расстоянии или отсутствовать. Организм, из которого была взята изначальная последовательность белка (Neisseria meningitidis) отмечен красной рамкой.
Отнесение белка Пантоат-бета-аланин лигазы из организма Neisseria meningitidis к терминам GO
Для отнесения данного белка к терминам GO был использован поиск BLAST инструмента AmiGO. Лучшая находка (Пантоат-бета-аланин лигаза из организма Shewanella oneidensis MR-1) имела значение P-value = 1.1e-71. Из значения P-value и сходного названия фермента можно предположить, что белки очень сильно похожи.
Таблица 2. Термины GO, отнесенные к белку с идентификатором Uniprot Q8EIH0 (PANC_SHEON)| Аспект | Идентификатор GO | Название термина | Перевод названия термина | Код типа достоверности |
| Biological Process | GO:0015940 | pantothenate biosynthetic process | процесс биосинтеза пантотеновой кислоты | ISS |
| Molecular Function | GO:0004592 | pantoate-beta-alanine ligase activity | ферментативная аквтиность пантоат-бета-аланин лигазы | ISS |
Таблица 3. Описание кодов достоверности, использованных в Таблице 1
| Код типа достоверности | Расшифровка кода типа достоверности | Объяснение |
| ISS | Inferred from Sequence or structural Similarity | Данный тип достоверности говорит о том, что существует аннотация на основе схожей последовательности. При этом могут присутствовать любые другие ресурсы для аннотации, кроме экспериментальных |