Описание белка 5TOG в базе данных UniProt
Информация о белке
В таблицах 1, 2 и 3 Вы можете увидеть некоторые сведения об полиубиквитине-B, полученных из записи о нем в базе даннных UniProt.
| Наименование характеристики | Значение |
|---|---|
| Длина(а.о.) | 229 |
| Молекулярная масса(да) | 25762 |
| UniProt AC | P0CG47 |
| UniProt ID | UBB_HUMAN |
Альтернативные UniProt AC: P02248; P02249; P02250; P62988; Q29120; Q6LBL4; Q6LDU5; Q8WYN8; Q91887; Q91888; Q9BWD6; Q9BX98; Q9UEF2; Q9UEG1; Q9UEK8; Q9UPK7.
| PDB | Метод | Разрешение(ангстрем) | Цепь | Позиция |
|---|---|---|---|---|
| 2KHW | NMR | - | B | 153-228. |
| 2MBB | NMR | - | B | 153-228. |
| 2MRO | NMR | - | A | 153-228. |
| 2MSG | NMR | - | A | 153-224. |
| 2N13 | NMR | - | B | - |
| 4UEL | X-ray | 2.30 A | B | 153-228. |
| 4UF6 | X-ray | 3.69 A | B/E/H/K | 153-227. |
| 4WHV | X-ray | 8.30 A | A/F/G/L | 153-228. |
| 4WLR | X-ray | 2.00 A | C | 153-228. |
| 4WUR | X-ray | 3.16 A | B | 153-228. |
| 4XOF | X-ray | 1.15 A | A | 153-228. |
| 4ZFR | X-ray | 1.72 A | B | 153-228. |
| 4ZFT | X-ray | 2.30 A | B/D | 153-228. |
| 4ZPZ | X-ray | 1.54 A | A/B | 153-225. |
| 4ZUX | X-ray | 3.82 A | X/c/h/m | 153-228. |
| 5BNB | X-ray | 2.49 A | E/F/G/I | 153-229. |
| 5CAW | X-ray | 2.62 A | B/D | 153-228. |
| 5CRA | X-ray | 2.64 A | C/D | 153-227. |
| 5CVM | X-ray | 1.90 A | B | 153-211. |
| 5CVN | X-ray | 3.36 A | D | 153-228. |
| 5CVO | X-ray | 3.88 A | C/F | 153-228. |
| 5D0K | X-ray | 2.65 A | B/E/H/K | 153-228. |
| 5D0M | X-ray | 1.91 A | B | 153-228. |
| 5DFL | X-ray | 2.10 A | B | 153-228. |
| 5DK8 | X-ray | 1.32 A | A/B | 154-227. |
| 5E6J | X-ray | 2.85 A | C/F | 153-227. |
| 5EDV | X-ray | 3.48 A | E/F/G/H | 153-228. |
| 5EMZ | X-ray | 1.66 A | A/B/C/D/E/F | 1-76. |
| 5EYA | X-ray | 2.40 A | C/D | 153-228. |
| 5GJQ | EM | 4.50 A | y | 153-228. |
| 5GO7 | X-ray | 1.80 A | A | 1-76. |
| 5GO8 | X-ray | 2.21 A | A | 1-76. |
| 5GOB | X-ray | 1.15 A | A | 1-76. |
| 5GOC | X-ray | 1.73 A | A | 1-76. |
| 5GOD | X-ray | 1.15 A | A/B | 1-76. |
| 5GOG | X-ray | 1.98 A | A | 1-76. |
| 5GOH | X-ray | 1.95 A | A | 1-76. |
| 5GOI | X-ray | 1.59 A | A/B | 1-76. |
| 5GOJ | X-ray | 1.55 A | A | 1-76. |
| 5GOK | X-ray | 1.84 A | A | 1-76. |
| 5H7S | X-ray | 3.49 A | E/F | 1-76. |
| 5IBK | X-ray | 2.50 A | C/F | 151-226. |
| 5IFR | X-ray | 2.20 A | B | 153-227. |
| 5JBY | X-ray | 1.99 A | A/C/E | 153-228. |
| 5JG6 | X-ray | 2.00 A | B/C | 76-153. |
| 5JP3 | X-ray | 2.90 A | B/D/F/H | 153-227. |
| 5JTJ | X-ray | 3.32 A | B | 153-228. |
| 5JTV | X-ray | 3.31 A | B/D/F/H | 1-76. |
| 5K9P | X-ray | 1.55 A | A | 153-228. |
| 5KGF | EM | 4.54 A | M/O | 153-228. |
| 5KHY | X-ray | 3.50 A | A | - |
| 5KYC | X-ray | 1.43 A | C | 153-228. |
| 5KYD | X-ray | 1.62 A | D | 153-228. |
| 5KYE | X-ray | 1.97 A | C/D | 153-228. |
| 5KYF | X-ray | 1.45 A | C | 153-228. |
| 5L8H | X-ray | 1.85 A | B | 1-76. |
| 5L8W | X-ray | 2.79 A | C | 1-75. |
| 5L9T | EM | 6.40 A | S | 1-73. |
| 5LN1 | X-ray | 3.14 A | U | 1-76. |
| 5LRV | X-ray | 2.80 A | B | - |
| 5LRW | X-ray | 2.00 A | B/D | 1-75. |
| 5LRX | X-ray | 2.85 A | B/D | 1-76. |
| 5M93 | X-ray | 1.79 A | A/B/C | 1-76. |
| 5MNJ | X-ray | 2.16 A | B/F | 1-76. |
| 5N2W | X-ray | 2.68 A | B | 1-76. |
| 5N38 | X-ray | 2.60 A | B | 1-76. |
| 5NL5 | X-ray | 1.96 A | A/B/C | 1-76. |
| 5NLJ | X-ray | 1.53 A | A/B/C | 1-76. |
| 5NVG | X-ray | 1.07 A | A | 1-76. |
| 5O44 | X-ray | 3.14 A | B/C | - |
| 5O6T | X-ray | 1.57 A | C/D | 1-76. |
| 5OHK | X-ray | 2.34 A | B | 1-76. |
| 5OHL | X-ray | 2.50 A | I/J/K/L/M/N/O/P | 1-76. |
| 5OHN | X-ray | 3.60 A | B/D | 1-76. |
| 5OHP | X-ray | 2.80 A | B/C | 1-76. |
| 5TOF | X-ray | 1.12 A | A | 1-76. |
| 5TOG | X-ray | 1.08 A | A | 1-76. |
| 5TUT | X-ray | 2.60 A | B | 1-76. |
| 5TXK | X-ray | 1.84 A | B | 1-76. |
| 5UJL | NMR | - | A/B | 1-76. |
| 5UJN | NMR | - | A/B | 1-76. |
| 5ULF | X-ray | 1.80 A | B/D | 1-76. |
| 5ULH | X-ray | 1.95 A | B | 1-76. |
| 5ULK | X-ray | 2.38 A | B | 1-76. |
| 5V1Y | X-ray | 1.42 A | C/D | 1-76. |
| 5V1Z | X-ray | 2.00 A | C/D | 1-76. |
| 5VEY | NMR | - | B | 1-76. |
| 5VF0 | NMR | - | A | 1-76. |
| 5VNZ | X-ray | 3.41 A | C/F | 1-76. |
| 5VO0 | X-ray | 3.90 A | C/F | 1-76. |
| 5VZM | NMR | - | A | 153-228. |
| 5VZW | X-ray | 2.28 A | C/D | 153-228. |
| 5W46 | X-ray | 1.18 A | A/B | 153-228. |
| 5WFI | X-ray | 1.85 A | C/D | 1-76. |
| 5X3M | X-ray | 1.82 A | A | 1-76. |
| 5X3N | X-ray | 1.65 A | A | 1-76. |
| 5X3O | X-ray | 2.19 A | A | 1-76. |
| 5XBO | NMR | - | A | 1-76. |
| 5XDP | X-ray | 2.38 A | A | 1-76. |
| 5XK4 | NMR | - | A | 153-228. |
| 5XK5 | NMR | - | A | 153-228. |
| 5XPK | X-ray | 2.27 A | A | 153-228. |
| 5YDR | X-ray | 2.00 A | A/D | 153-225. |
| 5YIJ | X-ray | 3.18 A | C/D/G | 153-228. |
| 5YIK | X-ray | 3.10 A | C/D/F | 153-228. |
| 5YMY | NMR | - | A/B | 1-76. |
| 5YT6 | X-ray | 1.50 A | A/C/E/G | 1-76. |
| 5ZBU | X-ray | 3.20 A | E | 1-76. |
| 5ZD0 | NMR | - | A | 153-228. |
| 6ASR | X-ray | 2.36 A | A/C | 153-228. |
| 6BVA | X-ray | 2.66 A | A/B | 76-152. |
| 6BYH | X-ray | 2.61 A | C/D/H | 76-152. |
| 6C16 | X-ray | 3.27 A | D/H | 77-152. |
| 6CP2 | X-ray | 2.90 A | C | 75-152. |
| 6DGF | X-ray | 2.34 A | B | 1-74. |
| 6EI1 | X-ray | 1.73 A | B | 153-227. |
| 6FDK | X-ray | 1.60 A | B | 1-76. |
| 6FGE | X-ray | 1.74 A | C | 153-227. |
| 6FTX | EM | 4.50 A | N/O | 1-76. |
| 6FX4 | X-ray | 2.50 A | B/D | 1-76. |
| 6FYH | X-ray | 2.91 A | B | 1-76. |
| 6GLC | X-ray | 1.80 A | B | 153-228. |
| 6GZS | X-ray | 1.90 A | B | 1-75. |
| 6H4H | X-ray | 3.50 A | C/D | 1-75. |
| 6HEI | X-ray | 1.64 A | B | 1-75. |
| 6HEK | X-ray | 3.03 A | B/D | 1-76. |
| 6IF1 | X-ray | 2.47 A | C/D | 1-76. |
| 6ISU | X-ray | 1.87 A | B/C | 1-76. |
| 6JB6 | X-ray | 2.70 A | B | 1-76. |
| 6JB7 | X-ray | 2.10 A | B | 1-76. |
| 6JMA | EM | 6.80 A | Y | 1-76. |
| 6K4I | NMR | - | A | 1-76. |
| 6MSB | EM | 3.00 A | u/w | 1-76. |
| 6MSD | EM | 3.20 A | u/w | 1-76. |
| 6MSE | EM | 3.30 A | u | 1-76. |
| 6MSG | EM | 3.50 A | u | 1-76. |
| 6N13 | NMR | - | D | 1-76. |
| 6NJG | X-ray | 2.35 A | A | 1-78. |
| 6O96 | EM | 3.50 A | L | 1-76. |
| 6PGV | X-ray | 2.30 A | B | 1-75. |
| 6QF8 | NMR | - | A | 1-76. |
| 6QK9 | X-ray | 2.23 A | A/B/C/D/E/F/G/H/I/J/K/L | 1-74. |
*таблица была составлена автоматически программой
Идентификаторы EMBL: X04803; AB089617; AC093484; BC000379; BC009301; BC015127; BC026301; BC031027; BC046123.
Судя по данным PDB, структура белка известна полностью, а сам белок состоит из одной субъединицы.
Kластеры UniRef
Белок представлен в трех кластерах UniRef, чьи идентификаторы и размеры изображены в таблице 3.
| Идентификатор | Наименование | Количество белков |
|---|---|---|
| UniRef50_P0CG47 | Polyubiquitin-B | 20 |
| UniRef90_P0CG47 | Polyubiquitin-B | 20 |
| UniRef100_P0CG47 | Polyubiquitin-B | 20 |
Избирательный поиск
В окне поиска UniProt было произведено несколько сеансов поиска схожих белков. Результаты представлены в таблице 4.
| Текст запроса | Число найденных белков | Из них в базе Swiss-Prot |
|---|---|---|
| name:polyubiquitin-b | 179 | 11 |
| name:polyubiquitin-b organism:"Homo sapiens" | 5 | 1 |
| name:polyubiquitin-b taxonomy:hominidae | 8 | 4 |
| name:polyubiquitin-b taxonomy:chordata | 59 | 11 |
| name:histone | 184451 | 2095 |
| name:histone taxonomy:arthropoda | 34092 | 140 |
| name:histone taxonomy:ciliophora | 520 | 61 |
| name:trypsin | 29530 | 320 |
| name:trypsin NOT name:inhibitor | 24569 | 104 |
Изучение истории изменений записи UniProt
Первая запись о белке P0CG47 была создана 10 августа 2010 года, и, что примечательно, является перемещенной записью P62988, которая в свою очередь была впервые добавлена в базу данныхх 31.08.2004 и постепенно включала в себя белки (скорее всего, считавшиеся разными, но оказавшиеся идентичными), записи о которых разделялись на множество новых.
К данному моменту (06.04.2020) в актуальной записи произошло 102 изменения. В последней версии, опубликованной 26 февраля 2020, были обновлены данные о биологических путях данного белка (1 пример удален и 4 добавлены), появились данные о тканеспецифичности и многое другое, а значит даже спустя почти десятилетие после появления этой записи, белок продолжают пристально изучать.