head
первый семестр второй семестр главная страница

Занятие 10. Паттерны и банк Prosite

  1. Создание паттернов аминокислотных последовательностей

    Характеристика паттерна Паттерн В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены?
    Фрагмент последовательности G-Y-R-V-E-S-L-A-R-I-Q-S-L-E-E-G-K-V-S-F-V-Q-E 1 нет
    Сильный G-[YI]-R-V-E-S-L-A-[RI]-[VI]-[AEKQ]-S-L-[ASE]-[GDE]-[NSG]-[VTQK]-V-[TRES]-F-[IKV]-[KEQ]-[DE>] 15 да
    Слабый G-X-R-[VI]-E-S-L-A-[RI]-[VI]-X-S-L-[ASET]-[GDE]-[NSAG]-X(1,5)-F-[IKVA]-X-[DNE>] 19 да

  2. Все описанные в PROSITE мотивы в заданном белке XPT_BACSU

    Идентификатор документа PROSITE (AC) Название мотива Краткое описание мотива Тип подписи (паттерн, профиль) Паттерн (регулярное выражение) Специфична ли подпись? Сколько мотивов нашлось в белке?
    PS00008 MYRISTYL Сайт N-миристоилирования паттерн G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P} неспецифична 5
    PS00006 CK2_PHOSPHO_SITE Сайт фосфорилирования Казеин киназы II паттерн [ST] - x(2) - [DE] неспецифична 3

Правильный CSS! Valid HTML 4.01 Transitional


© Almukhametov Azat