head
первый семестр второй семестр главная страница

Gene Ontology

1. Описание функции белка XPT_BACSU в соответствии с GO-аннотацией

  Онтология GO (название словаря) Количество разных ассоциированных терминов GO Функция белка
(краткое описание, близкое к тексту определения термина(ов) GO
Где? Component 2 cytoplasm
Зачем, для чего? Process 4 purine ribonucleoside salvage
nucleoside metabolic process
purine-containing compound salvage
xanthine metabolic process
Молекулярный механизм? Function 4 Function xanthine phosphoribosyltransferase activity
transferase activity
transferase activity, transferring glycosyl groups
transferase activity, transferring pentosyl groups
Специфичность?      

2. Описание 3 терминов GO, ассоциированных с моим белком

Я выбрал следующие 3 термина из различных словарей GO: purine ribonucleoside salvage из P, xanthine phosphoribosyltransferase activity из F, и cytoplasm (здесь выбора не было) из C.

Описание терминов GO

GO ID выбранного термина Список синонимов Список ближайших родительских терминов GO с указанием типа связи Список ближайших дочерних терминов GO с указанием типа связи
GO:0006166 нет is_a (inferred) biological_process (GO:0008150)
is_a (inferred) cellular process (GO:0009987)
is_a (inferred) metabolic process (GO:0008152)
is_a (inferred) nitrogen compound metabolic process (GO:0006807)
is_a (inferred) primary metabolic process (GO:0044238)
is_a (inferred) biosynthetic process (GO:0009058)
is_a (inferred) cellular metabolic process (GO:0044237)
is_a (inferred) cellular nitrogen compound biosynthetic process (GO:0044271)
is_a (inferred) cellular nitrogen compound metabolic process (GO:0034641)
is_a (inferred) heterocycle biosynthetic process (GO:0018130)
is_a (inferred) heterocycle metabolic process (GO:0046483)
is_a (inferred) nucleobase, nucleoside and nucleotide metabolic process (GO:0055086)
is_a (inferred) nucleobase, nucleoside, nucleotide and nucleic acid biosynthetic process (GO:0034654)
is_a (inferred) nucleobase, nucleoside, nucleotide and nucleic acid metabolic process (GO:0006139)
is_a (inferred) purine-containing compound metabolic process (GO:0072521)
is_a (inferred) small molecule biosynthetic process (GO:0044283)
is_a (inferred) small molecule metabolic process (GO:0044281)
is_a (inferred) cellular biosynthetic process (GO:0044249)
is_a (inferred) nucleoside metabolic process (GO:0009116)
is_a (inferred) purine nucleoside metabolic process (GO:0042278)
is_a (inferred) ribonucleoside metabolic process (GO:0009119)
is_a (inferred) cellular metabolic compound salvage (GO:0043094)
is_a (inferred) nucleobase, nucleoside and nucleotide biosynthetic process (GO:0034404)
is_a (inferred) nucleoside biosynthetic process (GO:0009163)
is_a (inferred) purine nucleoside biosynthetic process (GO:0042451)
is_a (inferred) purine ribonucleoside metabolic process (GO:0046128)
is_a (inferred) purine-containing compound biosynthetic process (GO:0072522)
is_a (inferred) ribonucleoside biosynthetic process (GO:0042455)
is_a nucleoside salvage (GO:0043174)
is_a purine ribonucleoside biosynthetic process (GO:0046129)
is_a purine-containing compound salvage (GO:0043101)
adenosine salvage (GO:0006169) is_a purine ribonucleoside salvage
guanosine salvage (GO:0006179) is_a purine ribonucleoside salvage
inosine salvage (GO:0006190) is_a purine ribonucleoside salvage
GO:0000310 exact: 5-phospho-alpha-D-ribose-1-diphosphate:xanthine phospho-D-ribosyltransferase activity
alt_id: GO:0009043
exact: Xan phosphoribosyltransferase activity
exact: xanthine-guanine phosphoribosyltransferase activity
exact: xanthosine 5'-phosphate pyrophosphorylase activity
exact: xanthylate pyrophosphorylase activity
exact: xanthylic pyrophosphorylase activity
exact: XMP pyrophosphorylase activity
exact: XMP:diphosphate 5-phospho-alpha-D-ribosyltransferase activity
is_a (inferred) molecular_function (GO:0003674)
is_a (inferred) catalytic activity (GO:0003824)
is_a (inferred) transferase activity (GO:0016740)
is_a (inferred) transferase activity, transferring glycosyl groups (GO:0016757)
is_a transferase activity, transferring pentosyl groups (GO:0016763)
отсутствуют
GO:0005737 нет part_of (inferred) cellular_component (GO:0005575)
part_of (inferred) cell (GO:0005623)
part_of (inferred) cell part (GO:0044464)
part_of (inferred) intracellular (GO:0005622)
is_a intracellular part (GO:0044424)
cytoplasmic part (GO:0044444) part_of cytoplasm pole plasm (GO:0045495) is_a cytoplasm
sarcoplasm (GO:0016528) is_a cytoplasm





3. Оценка качества функциональной аннотации белков в UniProt

Род рис - Oryza (англ. rice)
NCBI_TaxID - 4527

Соотношение между реальными и гипотетическими белками из рода Oryza (по данным UniProt)

  Количество в UniProt Количество в UniRef100
Существование белка доказано экспериментально 444 1155
Известны только соответствующие транскрипты 16205 15056
Гипотетический белок, предсказан по гомологии 10479 9096
Иные предсказанные гипотетические белки 120191 109921

Использование GO для работы с массовыми данными

Я выбрал бактерию Acholeplasma laidlawii PG-8A. Число белков в ее протеоме 1380.

Файл Excel
Как видно, чаще всего встречаются термины из словарей Function.

4. Получение выборки последовательностей белков с заданной функцией

Функция - биосинтез аминокислот, термин GO - cellular amino acid biosynthetic process, GO:0008652, словарь - biological process.
Запрос к SRS: ([uniprot-Taxonomy:Oryza*] > [uniprot-DBxref:GO:0008652*]). Получилось 35 находок. Ссылка на файл

Правильный CSS! Valid HTML 4.01 Transitional


© Almukhametov Azat