Вернуться на главную страницу

Второй семестр

Изображения выравнивании

Были взяты последовательности 6 белков из базы Uniprot с индентификаторами: 1.A7HY65_PARL1 2.G0ABP6_COLFT 3.R6H9T3_9FIRM 4.S0NHA9_9ENTE 5.K0NLA7_DESTT 6.I3ZKV0_TERRK

Эти последовательности были скачаны с помощью программ entret и seqret в bash. Выравнивания выполнялись в редакторе Jalview.

Задание №1 Множественное выравнивание

Данные последовательности были помещены в один файл следующим образом: File -- Add sequences -- From file. Множественное выраавние было сделано так: Web Service -- Alignment -- Muscle with Defaults.

Задание №2 Определение гомологичных последовательностей

Почередно выделялась каждая последовательность, пряталась (Hide sequences), производилось множественное выравнивание (см. Задание №1), красилось по схеме BLOSUM62 с порогом консервативности 30% (Color -- BLOSUM62 Score; By conservation). Должно было получиться, что в одном из выравниваний число консервативных аминокислотных остатков будет ощутимо больше, чем в остальных. Но такого не произошло. Во всех шести выравниваниях это число оказалось примерно одинаково маленькое. Для иллюстрации этого привожу фотографии всех шести выравниваний и ссылку на проект JalView. По данной причине назвать идентификатор лишней последовательности не представляется возможным.

После консультации с А.Алексеевским удалось выяснить, что не гомологичной является последовательность №1 A7HY65_PARL1. Им был предлложен следующий способ нахождения негомологичной последовательности:

• Найти те последовательности, похожесть (а значит и гомологичность) которых все-таки видна на глаз. В данном случае это последотвательности №2 №3 и №6. В выравнивнии по этим трем последовательностям есть блоки с достаточно консервативными позициями и без гепов (координаты по №2: 1)KYT-HEW 2)VGI-NED 3)ELN-AYD).
• Сравнить данные белки по выполняемым функциям (которые можно посмотреть в Uniprot). Оказалось, что у последовательности №5 функция (Glycine cleavage H-protein) сходная с №2, 3 и 6 (Glycine cleavage system H protein), которые мы уже объединили в группу гомологичных. Значит можно добаить туда №5. В то время как у №1 функция: Nitrogen regulatory protein P-II, а №4 не охарактеризован.
• Просмотреть каждую из оставшихся последовательностей на совпадание с получившимися блоками для выравнивние уже отобранных последовательностей. Пуличается, что у №1 на участках первого и второго блока выравненных четырех последовательностей две значительные делеции.И кроме того у №1 немного аминокислотных остатков сходных или совпадающих с таковыми в консервативных колонках данного выравнивания. У №4 таких аминокислотных остатков значительно больше. В итоге №4 можно отнести к гомологичным (т.к. в задании сказано, что тольк оодна последовательность не гомологична), а №1 признать не гомологичной.

Итоговое выравнивание

Итоговое выравнивание в формате FASTA

Итоговое выравнивание в формате MSF