Банки данных

Число сборок генома

1

Число проектов по секвенированию

2

Число образцов по секвенированию

1

Характеристика сборки PanTig1.0

Описание образца (BioSample ID: 2086964 )

Описание проекта (BioProject : PRJNA236771)

Геном Panthera tigris altaica был секвенирован в Personal Genomics Institute, в Корее, с использованием метода SOAPdenovo v. Номер доступа к проекту: ATCQ00000000; данная версия проекта имеет номер доступа: ATCQ01000000 и состоит из последовательностей ATCQ01000001-ATCQ01157031. Геномные скэффолды представлены контигами KE721553-KE722368 . ДНК для секвенирования генома была выделена из 9-летнего самца амурского тигра из зоопарка Everland в Корее.

Контиги*

Общее число: 157,032

N50: 30,032
L50: 22,834

Сыылка на контиг: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ATCQ01000011?report=fasta

Скэффолды**

общее число: 1,479
N50: 8,860,407
L50: 87

Название

Описание

Пример

CDS

(coding sequence)
Кодирующая последовательность; Последовательность нуклеотидов соответствует последовательности аминокислот в белке (местоположение включает стоп-кодон);

функция включает в себя концептуальную трансляцию аминокислот.

190..255

/gene="thrL"

/locus_tag="ECRM12581_0005"

/note="involved in threonine biosynthesis; controls the

expression of the thrLABC operon; label: thrL CDS; leader;

Amino acid biosynthesis: Threonine"

/codon_start=1

/transl_table= 11

/product="thr operon leader peptide"

centromere

Область биологического интереса идентифицирована как центромера, что экспериментально характеризуется;

555957..556073

/note="CEN16; Chromosome XVI centromere"

/db_xref="SGD:S000006477"

tmRNA

Транспортно-матричная РНК; тмРНК работает сначала как тРНК, а потом как мРНК, которая кодирует пептидный тэг; рибосома транслирует этот участок мРНК и прикрепляет пептидный тэг к C-концу незаконченного белка; этот присоединённый тэг делает белок целью разрушения или протеолиза.

complement(730702..731042)

                /locus_tag="Asbog_00659"

                /product="tmRNA"

                /inference="COORDINATES: profile:ARAGORN:1.2.28"

STS

(sequence tagged sit) короткая неповторяющаяся последовательность, используемая для картирования генома

STS 1905..2059
/gene="Mapk10"
/gene_synonym="C230008H04Rik; JNK3; JNK3B1; JNK3B2; p493F12; p54bSAPK; SAPK(beta); Serk2"
/db_xref="UniSTS:224677"

misc_feature

Участок, который нельзя охарактеризовать, используя другие обозначения (имеющий специфические свойства)

2470..2472

/gene="CENPC"

/gene_synonym="CENP-C; CENPC1; hcp-4; MIF2"

/experiment="experimental evidence, no additional details

recorded"

/note="Phosphoserine; propagated from UniProtKB/Swiss-Prot

(Q03188.2); phosphorylation site"

ncRNA

(a non-protein-coding gene)

не кодирующий белок ген, результатом транскрипции которого является особый тип РНК, отличный от рРНК и тРНК.

complement(join(1070657..1071044,1071247..1071319))

/ncRNA_class="other"

/gene="CR41257"

/locus_tag="Dmel_CR41257"

/gene_synonym="CG41257"

/gene_synonym="Dmel\CR41257"

/product="CR41257"

/note="putative non-coding RNA;

CR41257-RB; Dmel\CR41257-RB"

/db_xref="FLYBASE: FBtr0344616 "

/db_xref="FLYBASE: FBgn0085582 "

exon

Экзон. Кодирующий участок.

561..632
/gene="Mapk10"
/gene_synonym="C230008H04Rik; JNK3; JNK3B1; JNK3B2; p493F12; p54bSAPK; SAPK(beta); Serk2"
/inference="alignment:Splign:1.39.8"

polyA_site

сайт на транскрипте РНК, к которому посттранскрипционным полиаденилированием будут добавлены остатки аденина

3349

/gene="CENPC"

/gene_synonym="CENP-C; CENPC1; hcp-4; MIF2"

primer_bind

нековалентный праймер-связывающий сайт для инициации

репликации, транскрипции или обратной транскрипции;

включает сайт(ы) для синтетических элементов, например, ПЦР-праймер;

7..24

/note="mt12SrRNA1363d"

© Енькова Анна, 2017