Построение и анализ дерева, содержащего паралоги

Для выполнения задания в выбранных ранее бактериях были найдены достоверные гомологи белка CLPX_ECOLI. Для этого протеомы этих организмов были объединены в один файл, который был использован для создания базы данных. В результат поиска было найдено 24 гомологичных белка. Затем с помощью сервиса Uniprot был получен файл, содержащий аминокислотные последовательности указанных белков. Последовательности были выровнены с помощью программы muscle. Дерево этих гомологов было реконструировано в программе MEGA методом UPGMA.

Рисунок 1. Изображение дерева гомологов CLPX_ECOLI

Гомологичные белки будем называть ортологами, если они: а) из разных организмов; б) разделение их общего предка на линии, ведущей к ним, произошло в результате видообразования.
Два гомологичных белка из одного организма будем называть паралогами.

Анализ полученного дерева:

Можно предположить, что у предка представленных организмов (ECOLI, PASMU, RALSO, BURCA, RHIEC, RHOS4, SALTY) произошла дупликация гена: одна его копия стала CLPX, а другая - HSLU. У RHIEC также вероятно произошла дупликация гена, в результате чего у этого организма появились белки Q2K4M2 и Q8KKT3.

В качестве примера разделения путей эволюции белков в результате видообразования могут быть указаны ветви, ведущие к группам белков-гомологов CLPX и HSLU.

К семестрам