На Pfam Browse я взял домен с ID: DUF6077, AC: PF19554. Число последовательностей в выравниваниях (seed: 61, full: 178). Выравнивание загрузил в JalView. Здесь представлен результат работы.
Вертикальный плюс-блок
Расположен по координатам 189-205. Его паттерн [YLF][FWL][LFGYI][LIV][AFLMI][IFAL][VALG][L][VIL][LAG][LVFI][Q][ILVM][ILYV][MLYV][IVASY][VYIF].
Вертикальный минус-блок
Расположен по координатам 251-261.
Частичный плюс-блок
Расположен по координатам 389-394. Его паттерн [LMIV][LFIM][WYC][YLIC][YLI]