Задание 1
Я проводил анализ структуры тРНК в комплексе с глутамил-тРНК-синтетазой (PDB 1GTS). Сначала загрузил последовательность тРНК в FASTA-формате, затем запустил einverted со всеми стандартными параметрами (кроме minimum score threshold - 10). После чего с помощью RNAfold со стандартными параметрами получил предсказание по алгоритму Зукера. Результат представлен в таблице 1.
| Участок структуры |
|||
|---|---|---|---|
| Акцепторный стебель | 2-7, 66-71 | 1-6, 64-69 | 1-6, 64-69 |
| D-стебель | 10-12, 23-25 | - | 9-11, 21-23 |
| T-стебель | 49-53, 61-65 | - | 47-51, 59-63 |
| Антикодоновый стебель | 26-33, 37-44 | - | 25-29, 37-41 |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 22 | 6 | 19 |
Таким образом, наихудший результат был для программы einverted, так как она показала только акцепторный стебель.
Задание 2
В этом задании у меня была структура IBP39 инициаторного связывающего домена с ДНК (PDB 1PP8). Я написал скрипт Jmol, который доступен к скачиванию.
Далее я исследовал ДНК-белковые взаимодействия в 1PP8, считая, что полярные атомы - кислород и азот между которыми контакт возможен на расстоянии меньше 3,5 ангстрем, а неполярные - фосфор, углерод и сера, для которых расстояние 4,5 ангстрем. Я применял следующий скрипт. Результаты в таблице 2.
| Контакты белка |
|||
|---|---|---|---|
| Остатки дезоксирибозы | 9 | 53 | 62 |
| Остатки фосфорной кислоты | 38 | 45 | 83 |
| Остатки азотистых оснований со стороны большой бороздки | 5 | 20 | 25 |
| Остатки азотистых оснований со стороны малой бороздки | 6 | 3 | 9 |
Задание 3
Далее при помощи nucplot я получил схему ДНК-белковых контактов. Итоговый файл расположен здесь.
Наиболее вероятно, что самыми важными аминокислотами для связи с ДНК являются Asn81 и Lys25. Lys79 имеет больше контактов, но связывается с остовом, а не с азотистыми основаниями.
