Работа с Pymol

1. SCULPTING

Оценила возможности Sculpting, в Wizard->Demo->Sculpting. Забавная функция.

2. Мутация в белке, которая должна привести к потере связывания с лигандом

Оценка зоны контакта белка с лигандом.

Рис.1. Изображена поверхность белка (зеленый) и лиганд (NAG-фиолетово-желтый, NDG-красно-желтый); поверхность контакта выделена синим. Связи лиганда с белком отмечены желтым.

Рис.2. Мутация Asp101 на Lys101.

4. Присоединение флуоресцентной метки TAMRA

При помощи команд fuse и torsion получила изображение.

Рис.3. Белок 1LMP с присоединенной флуоресцентной меткой TAMRA

5. Поли-аланиновая альфа спираль

Рис.4. Поли-аланиновая альфа спираль из 100 аминокислот.

Скрипт

6. Cтруктурa кубана

SMILE нотация кубана - C12C3C4C1C5C2C3C45
obgen cuban.smi > cubane.mol

Рис.5. Третичная структура кубана.