Создала файл 1.smi, в котором содержится SMILES формула порфирина и его название через несколько пробелов.
3D структура молекулы построена с помощью команды obgen 1.smi > 1.mol
Полученный файл был открыт с помощью PyMOL и сохранен в формате pdb.
Были так же удалены лишние водороды.
Видно, что полученная структура не плоская. Чтобы исправить это, были переформатированы координаты программой openbabel, команда: babel -ipdb 1.pdb -omop 1_opt.mop -xk "PM6".
С помощью -xk был задан тип параметризации pm6. Затем был проведен запуск MOPAC:
MOPAC2009.exe 1_opt.mop
babel -imopout 1_opt.out -opdb 1_opt.pdb
2.
Далее было рассчитано возбужденные состояния порфирина.
Для этого в конец полученного файла нужно добавить строки:
cis c.i.=4 meci oldgeo
some description
Далее снова запустить Mopac: MOPAC2009.exe 1_opt_spectr.mop
На основании значений электронных переходов, взятых из конца файла выдачи были определены длины волн поглощения света
3.
Необходимо при помощи obgen и Mopac определить геометрию молекулы O=C1C=CC(=O)C=C1. Ход действий такой же, как и до этого.
Видно, что после оптимизации появилось правильное распределение заряда по ароматическому кольцу.
Затем был создан дианион молекулы парахинона. Для этого в первую строчку mop- файла было добавлено слово CHARGE=-2 и явным способ указаны атомы с отрицательным зарядом.
Можно заметить, что длина связи углерод-кислород в дианионе стала длиннее, что говорит о возможности образование одинарной связи из двойной.
4.
Образование тиминов из тимидинового димера. Цель - увидеть переход из димера в тимины при возбуждении системы.
