Нафталин; Азулен (SMILE нотация)
obgen nap.smi > nap.mol
Затем *mol-файл с помощью PyMOL был сохранен в pdb-формате.
babel -ipdb nap.pdb -omop nap_opt.mop -xk "PM6"
MOPAC2009.exe nap_opt.mop
babel -imopout nap_opt.out -opdb nap_opt.pdb
Для азулена нужно было получить плоскую структуру: obgen azu.smi -ff UFF > azu3.mol
Далее использовались команды как вначале.
2.
Затем при помощи babel переформатировала координаты в gamin формат:
babel -imopout nap_opt.out -ogamin nap_opt.inp
babel -imopout azu_opt3.out -ogamin azu_opt.inp
Загололовок был исправлен на:
$CONTRL COORD=CART UNITS=ANGS SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 $end
$system mwords=2 $end
$DATA
Запускаем GAMESS:
gms nap_opt.inp 1 >& nap_opt.log
gms azu_opt.inp 1 >& azu_opt.log
3.
Получила координаты, далее для каждой молекулы создаю по два файла, один для расчета методом Хартри-Фок, второй для теории функционала плотности. Сначала нужно переформатировать log файл gamout в gamin:
babel -igamout azu_opt.log -ogamin azu_gam.inp
babel -igamout nap_opt.log -ogamin nap_gam.inp
Составить правильно заголовок:
1) Метод Хартри-Фока
$CONTRL COORD=CART UNITS=ANGS SCFTYP=RHF RUNTYP=ENERGY $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6
POLAR=POPN31 NDFUNC=1 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$system mwords=2 $end
$DATA
2) Теория функционала плотности
$CONTRL COORD=CART UNITS=ANGS dfttyp=b3lyp RUNTYP=ENERGY $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6
POLAR=POPN31 NDFUNC=1 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$system mwords=2 $end
$DATA
и запустить GAMESS:
gms nap_gam_hf.inp 1 >& nap_gam_hf.log
gms azu_gam_hf.inp 1 >& azu_gam_hf.log
gms nap_gam_fp.inp 1 >& nap_gam_fp.log
gms azu_gam_fp.inp 1 >& azu_gam_fp.log
4.
Выписываем TOTAL ENERGY в следующую табличку:
Вещество E Naptalene E Azulene ΔE , Hartree ΔE, kCal/mol
Хартри-Фок -383.3549061523 -383.2823539393 0,072552213 45,52716663
DFT -385.6401306541 -385.5853515637 0,05477909 34,37437224
Зная, что энергия изомеризации нафталина в азулен составляет 35.3±2.2 kCal/mol, можно сказать, что используя теорию функционала плотности мы получаем более точные значения.
©Melnichuk Anastasia