| Главная | Семестры | Проекты | Обо мне |
Подготовка файла координат и файл топологии:
make_ndx -f box_38.gro -o 1.ndx
editconf -f box_38.gro -o et1.gro -n 1.ndx
editconf -f et1.gro -o et.gro -d 2 -c
На выходе получаем файл et.gro.
Исправленный файл топологии et.pdb.
Данные файлы с разными параметрами контроля температуры:
be.mdp - метод Берендсена для контроля температуры.
vr.mdp - метод "Velocity rescale" для контроля температуры.
nh.mdp - метод Нуза-Хувера для контроля температуры.
an.mdp - метод Андерсена для контроля температуры.
sd.mdp - метод стохастической молекулярной динамики.
Для дальнейшей работы использовался cкрипт
Полученные pdb файлы:
et_an.pdb В этом
файле видно колебание только водородных атомов.
et_be.pdb Показано
вращение воородных атомов вокруг углерода, а также вращение всей молекулы
вокруг оси.
et_nh.pdb Только
вращение атомов водорода вокруг углерода.
et_sd.pdb Достаточно
хаотичное движение атомов и молекулы в целом.
et_vr.pdb Также
показано вращение водородов вокруг углеродов. Молекула вращается в
пространстве, но только вдоль одной оси.
Для сравнения потенциальной и
кинетической энергии была использована команда: g_energy -f et_${i}.edr
-o et_${i}_en.xvg
Графики распределения энергии
были построены с помощью команд:
set datafile commentschars "#@&"
plot "./et_be_en.xvg" using 1:2, "./et_be_en.xvg" using 1:3
....
plot "./et_sd_en.xvg" using 1:2, "./et_sd_en.xvg" using 1:3
Распределение длинны связи С-С за время моделирования.
С использованием файла
b.ndx,
были
проанализированы связи g_bond -f et_${i}.trr
-s et_${i}.tpr -o bond_${i}.xvg -n b.ndx
Графики, полученные вышеописанными методами. В виде
dot-plot - графики распределения энергии, в виде boxes - графики
распределения длин связи.
Из приведенных графиков на распределение Больцмана больше всего похожи
графики распределения связи, полученные методами Velocity rescale и
стохастической молекулярной динамики. Думаю, из приведенных выше методов лучше использовать "Velocity
rescale" для контроля температуры.
©Melnichuk Anastasia