Гомологичное моделирование комплекса белка с лигандом

Взят белок LYS_BPP22 - лизоцим из Enterobacteria phage P22 (Bacteriophage P22, EC=3.2.1.17)

Структура, отредактированная согласно описанию: 1lmp_now.ent

Выравнивание, получено в Clustal и отредактировано согласно описанию: alignment.pir

Скрипт на питоне, тоже отредактированный, как надо: scr.py

Полученные модели:
Первая: 1.pdb
Вторая: 2.pdb
Третья: 3.pdb
Четвертая: 4.pdb
Пятая: 5.pdb

Проверка

Для моделей 1 - 5 проверялось наличие аномальных длин связей.

Номер модели        Количество связей
          1                                  1
          2                                  1
          3                                  1
          4                                  1
          5                                  1


Для моделей 1 - 5 проверялось наличие аномальных углов.


Номер модели        Количество углов
          1                               59
          2                               25
          3                               35
          4                               40
          5                               38


Выбрала модель 2.