Искала инфрмацию о гене TFIIH в человеческом геноме.
Начала с поиска последовательности самого длинного кодирующего участока (экзона) гена TFIIH (последовательность участка) сервисом "BLAST/BLAT".
Получила картинку с расположением гена в человеческом генома, как можно заметить это шестая хромосома.
Находка только одна.
Экзон расположен на обратной цепи и его координаты: 30881588 - 30881760 (173 нуклеотида).
Искомый экзон и соответствующий участок генома абсолютно идентичны, в чём можно убедится ниже на картинке с выравниванием найденого участка генома и данной для поиска последовательности.
.jpg)
Переходим на ContigView.
Тут можно более детально рассмотреть участок человеческого генома.
Присутствует возможность интерактивной работы с участком хромосомы, приведена информация о генах на рассматриваемом участке хромосомы и многое другое.
В Region in detail можно подробно посмотреть, какие гены и псевдогены здесь присутствуют. На более крупной картинке мы видим ту же находку BLAT и автоматически аннотированный геном.
.png)
Возможности ensEMBL позволяют менять масштаб изображения, отображать на ней разные элементы или скрывать их, например, экзоны, подписи и остальное (это все эти элементы можно увидеть, нажав в левом верхнем углу значок настройки).
Можно воспользоваться функцией scrolling и "прокрутить" геном, например, до следующего экзона того же гена.
Ещё тут можно увидеть соответствующие CCDS (танскрипты). У данного гена имеется 4 транскрипта:
первый
второй
третий
четвёртый
Также на портале EnsEMBL попыталась найти ген TFIIH по его названию.
Было найдено:
4 домена;
4 семейства;
21 ген;
73 транскрипта.
2.Другие геномные браузеры
В меню слева браузера EnsEMBL на странице, посвящённой участку генома, есть ссылки на три другиx геномных браузера:
1) Vega
Браузер аналогичный EnsEMBL, даже выглядит точно также.
2) UCSC
Интерфейс геномного браузера UCSC предоставляет возможности для изменения отображаемой информации в соответствии с целью его использования. B соответствующем окне результатов мы можем видеть гены RefSeq, а также транскрипты (мРНК и EST человека) для указанного фрагмента генома человека.
3) NCBI
Данный браузер показывает карту гена, причем вертикально, что весьма удобно. Данная карта не похожа на ту, которую мы видели в браузере EnsEMBL. Тут можно выбрать те типы данных, которые хотим увидеть. Так же, как и в genome browser, представлены mRNA и EST гена, экзоны и интроны. И, как обычно, есть ссылки на CDS и прочие связанные с геном записи, название самого гена и его описание.