Описание команды infoseq биоинформатического пакета EMBOSS
1.Терминал linux
В Windows: Запустили Putty и зашли на сервер kodomo под своим логином.
2.Директория Pr1
Чтобы создать директорию Pr1 воспользовались командой mkdir в своей домашней директории, создали директорию Term2, в ней - директорию Block1, в ней - директорию Practices, в ней - директорию Pr1.
Командой cd перешли в домашнюю директорию, затем командой ls проверили в ней наличие директории Term2, в ней - директории Block1, в ней - директории Practices, в ней - директории Pr1.
Итак, для выполнения задания перешли в директорию Pr1 (т.е. сделали ее текущей).
3.Получим информацию о своем белке.
Команда infoseq sw:ENGB_BACSU выдает на терминал информацию о записи ENGB_BACSU банка SwissProt. Командой infoseq sw:ENGB_BACSU 1> ENGB_BACSU.info записали информацию о белке в файл с именем ENGB_BACSU.info (эту информацию в формате txt можно увидеть тут).
4.Запишем информацию о программе infoseq в файл.
Команда infoseq -help выдает на терминал информацию о программе "infoseq". На терминал выдаются как stdout, так и stderr. Запишем их в разные файлы stdout.txt(команда infoseq -help > stdout.txt) и stderr.txt(команда infoseq -help 2> stderr.txt).
5. Использoвание "*" в имени последовательности
С помощью команды infoseq sw:ENGB_BAC* производим поиск таких же белков в других видах рода Bacillus.
6. Повтор команды из предыдущего.
Так как белков достаточно много, уточним поиск командой infoseq sw:ENGB_BACS*. Результат(найден один белок) можно просмотреть здесь.
7. Создали описание infoseq с перечислением некоторых опций программы.
| Опция |
Описание |
Пример |
| outfile |
Указывает имя файла для вывода информации. |
infoseq sw:engb_bacsu -outfile file |
| heading |
Указывает имя файла для вывода информации. |
infoseq sw:engb_bacsu -heading h |
| columns |
Оформление в виде колонок. |
infoseq sw:engb_bacsu -columns c |
| html |
Форматирование получаемой таблицы как HTML-таблицы. |
infoseq sw:engb_bacsu -html |
| delimiter |
Разделитель для информации в полученном тексте(например, пробел ’ ‘) |
infoseq sw:engb_bacsu -columns n -delimiter ' ' |
| only |
Способ сокращения командной строки, для отображения только некоторых вещей. |
infoseq sw:engb_bacsu -only -length |
| usa |
Отображение USA последовательности. |
infoseq sw:engb_bacsu -only -usa 1 |
Bash
некоторые команды
| pwd |
сообщает полное имя текущей директории |
| ls |
показывает содержимое текущей директории |
| cp <имя файла 1> <имя файла 2> |
копирует файл 1 в файл 2 |
| mv <имя файла 1> <имя файла 2> |
переименовывает файл |
| mv <имя файла> <имя поддиректории> |
перемещает файл в поддиректорию |
| rm <имя файла> |
уничтожает файл |
| mkdir <имя поддиректории> |
создает поддиректорию |
| rmdir <имя поддиректории> |
удаляет пустую поддиректорию |
| cd <имя поддиректории> |
переход в поддиректорию |
| cd .. |
выход из поддиректории (переход в родительскую директорию) |
| more <имя файла> |
просмотр содержимого файла (клавишами "пробел" и "Enter") |
| man <команда> |
выдает подробную информацию о команде |
часто используемые символы
| * |
заменяет собой 1, несколько или ни одного символа |
| ? |
заменяет ровно один символ |
| [1-7] |
заменяет 1 символ из заданного интервала (в данном примере от 1 до 7) |
| "" |
содержимое объединяется и интерпретируется |
| '' |
содержимое объединяется, но не интерпретируется |
| `` |
команда в кавычках выполняется |
| табуляция или пробел |
разделяют параметры |
©Melnichuk Anastasia