| Главная | Семестры | Проекты | Обо мне |
Дан: неаннотированный участок генома бактерии Ornithinibacillus scapharcae (штамм TW25).
Задача: определить, где в данном фрагменте закодированы белки, похожие на известные белки родственной бактерии (сенной палочки).
Получила фрагмент генома O.scapharcae из записи AEWH01000006 банка EMBL с заданным началом
126001, длиной 7000 нуклеотидов с помощью команды: seqret AEWH01000006.embl -sask
Файл
Получила файл prot_1.fasta, содержащий полный протеом B. subtilis из Swiss-Prot: seqret sw:*_bacsu
Файл
Извлекла из моего фрагмента генома трансляции все открытые рамки считывания длиной не менее 240
нуклеотидов с помощью программы getorf. При этом использую стандартный для бактерий (bacterial)
генетический код, открытой рамкой посчитала последовательность, начинающуюся со старт-кодона и
заканчивающуюся стоп-кодоном: getorf aewh.fasta -minsize 240 -find 1 -table 11 aewh.orf
На выходе получила файл aewh.orf,
в котором нашлось 8 открытых рамок считывания.
grep ">" aewh.orf > aewh.txt
Информацию из файла aewh.txt
поместила в aewh.xls.
С помощью BLAST нашла сходные последовательности в протеоме B. subtilis при условии
E-value<0,001:
makeblastdb -in prot_1.fasta -out bacsu -dbtype prot
blastp -db bacsu -query aewh.orf -outfmt 6 -evalue 0.001 > blastp.txt -task blastp
Получила файл blastp.txt.
Скрипт, которым из выдачи BLAST получено число гомологов для каждой рамки. Использовались:
noreturn one.txt; one.sh chmod +x one.sh; ./one.sh
Ниже приведена таблица, содержащая информацию о тех открытых рамках, для которых с помощью
BLAST нашлась хотя бы одна сходная последовательность.
Открытая рамка считывания |
Начало фрагмента |
Конец фрагмента |
Направление |
Число сходных посл-тей |
Идентификатор самого близкого из найденных белков |
E-value находки |
>AEWH01000006_1 |
710 |
1945 |
прямое |
1 |
YHAM_BACSU | 1e-14 |
>AEWH01000006_5 |
6859 |
5642 |
обратное |
2 |
YHAO_BACSU | 9e-84 |
>AEWH01000006_6 |
5632 |
2657 |
обратное |
1 |
YHAN_BACSU | 1e-30 |
>AEWH01000006_7 |
2607 |
2044 |
обратное |
3 |
YVBF_BACSU | 4e-38 |
3'-------------------------------------------[<= yvbf, 2044-2607]-----------5'
5'---------[710-1945 =>yham]-------------------------------------------------3'
3'-----------[<= yhan, 2657-5632]-------------[<= yhao, 5642-6859]-----------5'
5'---------------------------------------------------------------------------3'