Функциональная роль гена в подсистеме. GO, SEED, String

1.Определение системы, к которой принадлежит ген из прокариотической системы секреции

UniProt AC белка, который будет исследоваться в течение этой работы: Q1BPP9.
Uniprot ID: Q1BPP9_BURCA

Система секреции III типа отвечает за контролируемый транспорт белков из клетки.

AC	Name	GO "P"	GO "F"	GO "С"	KEGG ID	Organism
Q1BPP9	Q1BPP9_BURCA Type III secretion system outer membrane pore YscC/HrcC	0009306	0008565	0009279	bcn:Bcen_3512	Burkholderia cenocepacia

2.Расшифровка терминов Gene Onthology (GO)

Название	GO	Онтология	Значение
protein secretion	0009306	Биологический процесс	Секреция белков - эта функция скорее принадлежит скорее ко всей системе, в которую входит исследуемый белок, чем к нему самому.
cell outer membrane	0009279	Часть клетки	Данный белок является не только компонентом T3SS, но и компонентом внешней мембраны клетки, в частности он организует покрытие пор во внешней мембране.
protein transporter activity	0008565	Молекулярная Функция	Обеспечивает транспорт микроэлементов внутри клетки, проникновение их внутрь клетки и выход из нее.

3.Поиск гомологов белка в геномах других бактерий

С помощью "blastp against complete genome" в разделе "Searching DNA or Protein Sequences (in a selected organism)" на SEED (FIG) и последовательности в fasta-формате, находим наш ген. Перейдя по ссылке на него, увидим графическое окно с гомологами из разных геномов.

Затем, чтобы получить ортологи были выставлены следующие параметры: Number of Regions – 50, Evalue cutoff – 1e-7.
После чего были отобраны 12 ортологов из разных родов. На изображении ниже представлена карта окрестностей отобранных ортологов.

Исходный ген - Bcen_3512 (обозначен цифрой 1) во всех случаях был аннотирован одинаково и отнесен к нужной системе.
Основными генами, помимо гена 1, являются 2 (присутствует у 9 родов из 12), 3 (присутствует у 6 родов из 12), 5 и 6 (присутствуют у 5 родов из 12), 10 (присутствует у 4 родов из 12). Системе свойственны различные функции, поэтому, думаю, строгое наличие основных генов не обязательно. То есть основными являются где-то 15% генов системы.

Гены, предположительно ко-локолизованные с данным
Прежде всего это основные гены 2-5, которые встречаются в 11 из 12 окрестностей. Кроме основных генов системы III распространены и другие гены (7, 9, 11, 12, 17, 18, 19, 20, 21, 23, 22, 24...).
Причина того, что гены системы III имеют так много ко-локализованных генов средней распространенности кроется в самой системе: это очень большая и сложная система, которая содержит большое количество генов, которые не могут оставаться неизменными.