Электронная плотность. Рассеяние на электроне

1. Выбор структуры белка для дальнейшей работы

Так как сервис EDS (Electron Density Server) не знает PDB-код белка исследуемого в прошлых практикумах, был взят другой белок, а именно, HUTP_BACSU (PDB ID 1WPV, разрешение - 1.70 Å) из резерва таблицы для 1го семетра (таблица).
Файл с экспериментальными данными.

Имеются подходящие структурные гомологи белка. Проверка производилась с помощью PDBeFold.

2. Модель и структурные факторы

Модель структуры.
Файл структурных факторов.

Каждому структурному фактору отведена отдельная строка (набор чисел), но нет прямого соответствия атомам модели. Набор этих чисел, это значения, которые были получены в ходе эксперимента с помощью многократного изменения положения детектора. Число приведенных для 1WPV значений почти на два порядка превышает количество атомов в соответствующей PDB структуре.

3. Изображения электронной плотности

C сервиса EDS был скачан файл с картой электронной плотности.
Данный файл, как и файл PDB были загружены в PyMol с помощью команды load:
load 1WPV.pdb, 1wpv
load 1wpv.omap, map
Для визуализации электронной плотности использовалась командa isomesh:
select backbone, name c+n+o+na
isomesh backbone_map, map, 1, backbone, carve=2 (рис.1)
isomesh backbone_map, map, 1.5, backbone, carve=2 (рис.2)
isomesh backbone_map, map, 2, backbone, carve=2 (рис.3)

Рис.1 Электронная плотность вокруг полипептидной цепи, уровень 1. 

Рис.2 Электронная плотность вокруг полипептидной цепи, уровень 1,5. 

Рис.3 Электронная плотность вокруг полипептидной цепи, уровень 2. 

Далее представлены изображения электронной плотности для остатков: TRP-35; LYS-36; VAL-37; CYS-38 (полипептидная цепь A).

Рис.4 Электронная плотность вокруг остатков 35-38, уровень 1. 

Рис.5 Электронная плотность вокруг остатков 35-38, уровень 2. 

Рис.6 Электронная плотность вокруг остатков 35-38, уровень 2,5. 

Исходя из полученных изображений видно, что при увеличении значений уровня, отображаются более электронноплотные участки.
На рисунках видно, что координаты атомов, рассмотренных остатков, соответствуют максимальным значениям электронной плотности. Видно, что структура точно окружается изображенными поверхностями. Отсюда следует, что модель белка в PDB соответствует полученной информации о распределении электронной плотности в ходе рентгеновского эксперимента.