ЯМР спектроскопия. Биологические единицы

1. Запись PDB, полученная методом ЯМР

С помощью поиска в банке PDB была выбрана структура 2M83, разрешенная методом ЯМР в 2014 году. Эта структура состоит из одной полипептидной цепи длиной в 139 остатков, присутствует 20 моделей.

                                                   Рис.1 Структура 2M83.

В данной модели нашла 2 пары остатков, которые образуют водородные связи: Arg212-Glu214 (2.7 Å) и Arg149-Glu133 (2.8 Å).

                                               Рис.2 Структура пар остатков Arg212-Glu214 и Arg149-Glu133 из 2M83.pdb

На мой взгляд, наиболее отличающиеся моделью от первой, является шестнадцатая.

                                               Рис.3 Структура пар остатков Arg212-Glu214 и Arg149-Glu133 из 2M83.pdb

На рисунке 3 представлены структуры пар остатков Arg212-Glu214 и Arg149-Glu133 из 1й и 16й модели файла 2M83.pdb. Аргинины из 1й модели представлены зеленым цветом, аргинины из 16й - бирюзовым. Глутаматы из 1й модели изображены желтым цветом, глутаматы из 16й - розовым.

Рассматривая первую пару Arg212-Glu214 видно, что различия между 1й и 16й моделями значительны, а также исходя из значений расстояния между атомами можно сделать вывод, что водородная связь не сохраняется.
Рассматривая вторую пару Arg149-Glu133 видно, что различия между 1й и 16й моделями имеются, но они не такие уж и значительные, остаток аспарагиновой кислоты "развернулся", но расстояние между атомами все еще меньше 3.5  Å, а так как это являлось критерием в задании, то можно сделать вывод, что водородная связь сохраняется.

2. Биологические единицы

                                                   Рис.4 Структура 4BCS.

На рисунке 4 изображена структура 4BCS, ассиметрическая единица которой включает две цепи, а биологическая единица - четыре цепи.

Пример водородной связи между остатками из разных копий представлен на рисунке 5.

                                                   Рис.4 Водородная связь между остатками His 54 и Thr 74 из разных копий. Структура 4BCS.