Задание d1: определение вторичной структуры

1. Определение вторичной структуры с помощью программы Stride  

                                                   Рис.1 Выдача программы Stride для белка 1WPV.

Красным цветом на рисунке 1 изображены α-спирали, зеленым – β-листы, темно-оранжевым – β-мосты, желтым – повороты или спирали, синим – спирали 3₁₀. Получено с помощью сервера http://webclu.bio.wzw.tum.de/cgi-bin/stride/stridecgi.py.

Выдача программы Stride для белка 1WPV в текстовом формате - txt .

                       Рис.1 А цепь белка 1WPV. Бордовым цветом выделена альфа-спираль по данным программы Stride.

По данным программы Stride альфа спираль потеряла один остаток, относительно записи PDB.
По данным Stride альфа спираль располагается с 47 по 61 а.о., а по данным PDB - с 46 по 61 а.о.

                       Рис.2 А цепь белка 1WPV. Бордовым цветом выделена альфа-спираль по данным программы Stride, зеленым - бета-лист.

По данным программы Stride в бета-лист входят остатки: 36-44, 99-109, 120-130, 137-147.
По данным PDB: 36-44, 99-109, 120-130, 137-147.
Данные совпадают.

2. Карта бета-листа с помощью SheeP  

Рис.3 Карта бета-листа цепи А белка 1WPV, построенная с помощью SheeP.

Рис.4 Белок 1WPV, структура построена с помощью Jmol. Желтым цветом отмечены 3 бета-листа в структуре. Цепь А расположена снизу.

Один столбец карты соответствует одному хребту бета-листа. Для проверки был взят третий столбец карты: Ile145, Ala122, Leu107, Val37 (рис.5).

Рис.5 А цепь белка 1WPV. Красным цветом изображены остатки Ile145, Ala122, Leu107, Val37.

Рис.6 А цепь белка 1WPV.

Красным цветом на рисунке 6 изображены некоторые розовые столбцы из карты, построенной с помощью SheeP. Желтым - некоторые желтые столбцы из карты.
Как мне кажется, желтые остатки обращены к гидрофобному ядру.