Задание d2: совмещение структур

1. Совмещение структур 

Для цепи А белка 1F7L, были выбраны гомологи: 4DXE (цепь С), 3QMN (цепь F), 1FTF (цепь А), 2WAS (цепь F), 2WAT (цепь F).

 Рис.1 Cовмещение структур 1F7L (цепь А), 4DXE (цепь С), 3QMN (цепь F), 1FTF (цепь А), 2WAS (цепь F), 2WAT (цепь F).

Из рисунка 1 видно, что выбранные структуры не слишком сходные и не слишком различные.

Рис.2 Выравнивания по структуре (снизу) и выравнивание по последовательностям методом Muscle (сверху).

Из рисунка 2 видно, что выравнивания по структуре и последовательности не идентичны. На рисунке 2 представлен лишь маленький кусочек выравнивания (25-43 а.о.). Хоть множественное выравнивание и выглядит лучше, в нем имеются невыровненные остатки белков. Так что, скорее всего, выравнивание по структуре более правильное.

2. Совмещение по заданному выравниванию  

Были выбраны два константных домена человеческого Т-клеточного рецептора из цепей альфа и бета соответственно: 1oga, region d: 118-202; 1oga, region e: 119-245. 

С помощью сервера SheeP были построены карты бета-листов.

Рис.3 Карта бета-листа для домена из цепи альфа (map0).

Рис.4 Карта бета-листа для домена из цепи бета (map0).

Рис.5 Карта бета-листа для домена из цепи бета (map1).

Из рисунков 3 и 4 видно, что карты map0 обоих доменов находятся в одинаковой ориентации.
Исходя из полученных карт, можно определить множество остатков, с помощью которых удастся совместить две структуры.
Команда для PyMol: pair_fit alpha///120-124+132-136+173-177/CA, beta///125-129+143-147+190-194/CA

Рис.6 Совмещение доменов T-клеточного рецептора из цепи альфа (зеленый цвет) и цепи бета (желтый цвет).

RMSD =  0.485 (15 to 15 atoms) 
Видно, что топология совмещенных бета-листов совпадает. 
Файл .pse